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CNV拷贝数变异

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重测序数据可以用来做基因家族的共线性分析

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重测序比对

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这里是啥情况

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老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在fst pi tajimaD分析的过程中，发现生成的曼哈顿图没有数据，在第一步的过程中，我们确实成功的生成了染色体对应的起始位置和pi值，但在pi多样性绘图输出时却发现没有数据，这是怎么回事呢，请老师帮忙解决

  • per 2024-06-21 16:37
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VCFtools计算fst, pi, ROD, tajimaD, xpclr计算xpclr，得到这些结果作图的时候，曼哈顿图有阈值线，怎么给平滑曲线加上阈值线？另外，平滑曲线的值是经过怎么转换？

  • 2024-07-14 12:04
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进行picard.jar MarkDuplicates REMOVE_DUPLICATES时，出现如下错误，烦请老师解答，谢谢！

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使用tassel软件对vcf文件排序时出现ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - java.lang.IllegalArgumentException: AlleleDepthUtil: depthIntToByte: Can not have negative depth values: -8448

  • mike 2024-03-18 18:42
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在重测序中对某一个基因在不同群体中的突变频率图怎么作，有脚本可提供不？

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求助，怎么把vcf文件中的非变异位点去掉呀？

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单倍型分析报错

1 解决

使用重测序的var_density.R脚本没有按照染色体正确排序，这个怎么解决？

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得到INDEL,在做注释的时候报错。

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用GATK call SNP时报错

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为什么docker中cocker search 搜不到omicsclass了

1 解决

老师，您好，请问如何展示出染色体上某个基因的，或者说某个位点附近的核苷酸多样性值，FST值或者tajimas值。

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电脑上无法学习

  • per 2024-07-27 11:16
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PSMC

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老师，请教一下，重测序时对bam文件排序出现问题，提示Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Invalid lookback distance found.怎么解决呀

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单倍型结果的解读