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3 基因变异的VCF文件除了染色体部分外的其他变异数据如何过滤？

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kasp精细定位

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BSA结果，只有一个SNP

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老师如何利用gatk只对某几条染色体进行变异检测? 另外，如何使用gatk 设置线程数量？谢谢老师

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合并gvcf时程序终止

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请问下面图片中的提示是什么问题，谢谢

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设计SNP引物的命令无法运行，什么原因

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使用xpclr分析出现TypeError: ufunc 'true_divide' not supported for the input types'

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在用tassel对vcf进行sort时报的错，有哪位大佬知道怎么操作吗

  • yao 2022-06-07 15:46
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老师，我在用GATK的VariantFiltration过滤SNP的时候，遇到了报错java.lang.IllegalArgumentException: Inconsistent number of provided filter names and expressions: names=[PASS, my_snp_filter] exps=[QD < 2.0 || MQ < 40.0 || FS > 60.0]

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请问一下，我买了那个重测序分析的课程，是否可以用于寻找叶绿体基因组间的多态性位点

  • 2022-05-13 15:37
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annovar报错问题

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老师您好，我本来打算做BSA，因为担心BSA定位区间过多，所以对F2群体中极端个体各40株进行了单株测序，现在打算拿这个数据做一下BSA相关分析，请问如何利用单株测序数据模拟混池测序数据呢，麻烦您了

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我在haplotypecaller的时候没有设置样本倍型，这个数值是默认二倍体吗？不设置对我的结果有什么影响

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老师您好，我问过我们这边的一个老师，他是直接用的我的plink_pca.eigenvec文件直接在R绘制的，并且没有用我的分组信息，直接PCA就可以做出来图，他说可能是我的分组有点问题，但是我用这个分组可以完成进化树和structure绘图，做PCA的图却只有框没有点

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老师您好，我的项目是对一种昆虫的六个不同的土著种进行重测序分析，每个土著种只有一个样品，也就是说我一共只对6个样品进行分析，我目前买了咱们群体结构分析的课程，pca分析好像不太适用于我这么少的样品，想请问老师我除了群体结构分析里的内容还可以针对哪些内容进行分析呢，老师可以给我推荐一些课程

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老师您好，我在进行连锁不平衡分析时，在这一步遇到了问题，这是什么原因呀，我的分组是这样的，是不是因为我的每个分组里只有一个样品才不行呀

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老师您好，我在用iqtree绘图和pca绘图这里都遇到了行列数量不同的情况，但是我的分组是这样的，这个要怎么解决呀

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老师您好，我在fasttree构建系统发育树这一步，程序会被kill掉，看不到报错，前面的程序运行的都没有问题，唯一的一处报错出现在给vcf文件排序这里，但是这一步生成文件了 而且下一步转换格式也没有问题，这个该怎么解决呀

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老师您好，群体结构分析自己的数据时，进行到文件格式转换那一步遇到了问题，报错写的是要将vcf文件正常排序，我自己在网上找到了相应的脚本，却不能正常运行，报错写的是不能生成JAVA虚拟机，我的脚本是不是有什么问题呀，这个应该怎么解决呀