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生信小技能-引物设计课程资料里没有脚本

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在您的课程《基因组重测序数据分析实操课程》中：变异结果注释ANNOVAR，在运行table_annovar.pl 如何解决报错：Died at /data/home/sft/pkg/annovar/coding_change.pl line 677

  • 智 2021-09-26 21:11
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老师您好，我利用Fst、π和Tajima's D方法对2个种群的重测序数据进行了选择清楚分析，获得了候选基因，我想请问一下筛选到的基因就是受到正选择的吗？需要怎样判断哪些基因受到正选择，哪些基因受到负选择？谢谢老师！

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参考基因组是scaffolds水平，如何进行比对

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GATK HaplotypeCaller - Shutting down engine

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gatk报错：java.lang.IllegalStateException: Read position too high for BAI bin indexing.

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根据课程基因组重测序的脚本，进行片段inner size，片段选择是否异常和测序深度与覆盖度统计均未能生成pdf文件，直接弹出如下对话框和如下命令

  • 2021-09-12 14:16
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ANNOVAR注释完了没有列名

  • 2021-08-10 10:52
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BSA数据在哪里下载呢？

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50 老师就BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的这个我还有点疑惑

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30 老师就 BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的这个我还有点疑惑，https://www.omicsclass.com/article/1305就是这个网站里面的解答

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染色体较长的在HaplotypeCaller这一步完了以后应该怎么建立索引？

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LD block单体型块图选择的范围与LD衰减计算出的物理距离有关联吗？

  • Iron 2021-06-24 12:10
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提取vcf文件中的信息

  • Iron 2021-05-19 00:44
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询问vcf文件生成SNP表时一些问题

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请问vcf样品列出现“./.:.:.:.:.”是什么意思呢

2 解决

5 qiime2进行物种注释出错

  • mz 2021-03-17 21:49
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请教：怎么从InDel.vcf文件中挑选插入或缺失大于10bp以上的位点？

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用primer批量设计引物时出错，不知道primer的这些参数的最大或最小值怎么知道是多少？如果用下面的这些值的话，怎么调节？

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在用vcftools提取指定区域文件的时候出现的以下warning是什么意思，对提取文件有没有影响？