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群体遗传SNP获取
SNP
叶雪儿
2024-02-26 17:16
1
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变异结果过滤
yangxiang666
2024-02-21 18:36
2
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1165
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3
用samtools call出单个样本的rawvcf文件,合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点,而是在合并之后都变成了缺失,想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗,有什么办法?
samtools
GATK
东篱
2024-02-20 10:57
1
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VCF文件
bomm
2024-01-25 00:00
1
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850
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变异结果过滤,gatk VariantFiltration
GATK4
GATK
yangxiang666
2024-01-22 10:15
1
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871
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Fst染色体数量不对
Fs't
231
2024-01-16 22:21
1
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779
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参数设置
Jay
2024-01-15 13:41
1
回答
651
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CNV拷贝数变异分析
拷贝数变异
bomm
2024-01-13 16:22
1
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snp密度图绘制
shidandan
2024-01-13 15:31
1
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702
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GCVF合并
yangxiang666
2024-01-10 10:33
1
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670
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变异结果统计与绘图展示
shidandan
2024-01-09 21:55
1
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测序数据比对
比对
Jay
2024-01-09 12:36
0
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mutmap
《心向阳光&
2024-01-08 14:44
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注释完绘图出现报错信息
shidandan
2024-01-05 10:28
0
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获取选择区域的基因
shidandan
2024-01-03 22:17
1
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867
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请问在引物设计时出现了这样的问题怎么解决啊?
引物设计
kid
2024-01-03 15:54
1
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797
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vcftools --vcf GT_AGCT_Liujingyan.vcf --max-missing 0.5 --maf 0.05 --remove-indels -- min-alleles 2 --max-alleles 2 --minDP 2 --minQ 20 --recode -- stdout >SNP_filter_maf0.05_miss0.5.vcf在这基础上增加杂合率,激昂杂合率设为80%或者60%,如果是自交系或纯合体,杂合率设为10%-20%怎么改
vcftools
追梦
2024-01-03 10:50
2
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1184
浏览
CombineGVCFs报错:htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount
大耿老师
2024-01-02 20:34
1
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776
浏览
annovar注释疑惑
ANNOVAR
shidandan
2024-01-01 14:05
2
回答
701
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重测序中GATK无法运行
GATK4
Chen jie yang xi rêve
2023-12-30 16:15
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