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老师，我在做饭基因家族分析，我搜集的基因组的gff3文件，第一列有的是chr有的是基因id，这个会影响后续结果嘛？

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老师，在putty中如何操作；既可以做自己的数据，又不用删掉示例数据呢？我现在想上传自己的数据；是不是得把之前的demo和data都删掉；我怕内存不够；还是说内存足够，上传的时候传成data2呢

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docker search 出现错误是怎么回事

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老师，我现在在学习泛基因组分析，研究物种是梨；现已找到13个基因组，那我在基因家族鉴定的时候用13个基因组；而泛基因集的构建我需要选择几个？

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gatk GenomicsDBImport

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老师您好，我手上有一个基因的基因序列，通过pfam知道了它属于哪个基因家族，但是没有找到有做过这个基因家族的生信基因家族分析鉴定的文章，请问这种情况下能做基因家族分析吗？该怎么进行呢？

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老师你好，我想问一下，我做基因家族分析，明明之前建了02.hmmsearch这个文件夹，并且做出来的东西也都放在里面，但是我在终端ll一下，显示total0，然后我新建进化树的文件展示已存在但我在文件夹里并没有找到

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10 大家好，我想问一下，做进化树分析，想把一些文件从一个文件夹cp到新建的进化树的文件夹，但是cp的时候说找不到这些文件，但这些文件就在哪里，不知道这是什么原因呢，直接复制粘贴过去也不太行，在终端里ll一下依旧找不到。

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老师，请问我如何操作这4个exl才能得到完整的像课程中的一个VCF？直接复制粘贴exl到一个txt？

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想问一下泛基因组分析时，基因家族的鉴定中选择a个物种；SV分析是文章中构建的b个物种中的；转录组分析是c个物种中的；请问a受b，c的影响吗？a：能不能我找到13个基因组就在13个基因组里面分析呢？而b和c是文章中找到的，利用人家的数据分析自己的基因，这样的理解对吗？

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想问一下泛基因集的构建，如果有相关参考文献有泛基因组的构建是不是我就不用学习这部分内容了；想问一下什么情况下才需要构建泛基因集？构建泛基因集的目的是什么？

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想问一下，为什么我用pfam筛选，结果出来是这样的，没有能看结果的地方，也没有能下载的地方

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老师，我看课程里有这一步，但没讲解后面的C是干什么的，也看不太清C前面上角那个符号是打的啥怎么打上去的

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请问我想注释出碳氮磷硫功能基因及丰度，有什么教程吗

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老师，请问在做结构变异分析的时候找到了与VCF文件相似的多个EXCL文件，请问这种情况怎么办？将excel文件后缀改成VCF文件？

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treemix

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老师，我想问一下，我正在学泛基因家族分析；自己的数据如何上传？是弄成压缩包的形式通过filezilla上传到data文件夹，覆盖之前上传的课程内容吗？

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想问一下视频课程里的data内容换成自己的数据就行了嘛？

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第一张图片为smart，没有查询到结构域。第二张图片为interpro，共有135条序列，最后显示结果为118。图3为CDsearch查询结果，为135条。最终形成的新的IDlist是不是以interpro为准，118个ID

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5 gatk变异检测