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目前我感兴趣的植物基因(全基因组测序未完成），仅仅在NCBI上公布了mRNA序列，大概有80个。请问可以进行基因家族生物信息学分析吗？

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RNA-seq分析，用index.sh建立索引exons.tsv文件为空

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5 老师您好，我在做宏基因组学分析时，由于样本数据量过大，将所有样本质控后的reads用进行组装时，会出现服务器内存不足无法组装的情况。那我想将每个样本的数据分别组装，然后将样本contig文件进行合并后再进行下游分析。这种方法可行吗？

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黄老师，我已获得BSA流程过滤后的snp的vcf文件，然后怎么利用这个文件绘制全部染色体的SNP-index的曼哈顿图

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老师您好，我在做物种间基因组共线性分析时没有得到.anchors文件并且出现list index out of range报错,请问一下是什么原因？

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我想请教一个问题，如果没有GFF文件，能从基因组中进行基因序列提取吗？批量的那种？ 另外，方便的话可否推荐一个提取序列好用的软件，感谢！

  • 2020-05-28 21:29
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老师，请问基因家族数量太多，如何确定其中的假基因，是否可以每个基因选择一个转录本来构建进化树呢

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老师，基因家族数量太多，如何提取domain序列构建进化树呢？

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老师，请问如何构建带时间节点的物种进化树呢

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测序公司返回的DNA序列，在序列比对时是不是要删除首尾的一些序列？计算保守位点变异位点是不是根据比对后的序列算？多条DNA序列，比如ITS，MatK两条序列怎么拼接起来作为一个组合DNA序列片段来分析？有没有软件和教程，谢谢

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请问GSDS老是打不开，还有其他软件作基因结构图吗？

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老师，您好！对于NCBI上没有公布基因组注释文件的，我该怎么去找对应物种的gff？

  • 2020-05-27 21:47
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有没有TBtools的安装包啊，免不免费的都行

  • sham 2020-05-27 15:46
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sra文件转换为fastq文件

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老师您好，我弄基于转录组的基因家族分析时，我已经知道了基因家族的id，如何从CDS的fasta文件中提取出序列。

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5 如何对比判断一个物种两个基因组质量的好坏？

  • 2020-05-26 18:14
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老师您好，请问怎么从GEO中几万个基因数据中找出几千个想要的基因数据呢？或者我已经筛选出了差异表达基因，我怎么找到这些差异表达基因的具体数据？

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老师您好，构建同一物种不同菌株的全基因组的进化树有什么推荐的软吗

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get_promoter.pl 的报错

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5 向各位老师请教下关于遗传图谱的问题，我的实验群体为半同胞家系，需要进行遗传图谱绘制与QTL分析，请问下该如何绘制遗传图谱，用什么软件？向各位老师请教！万分感谢！