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5 请问大家怎么找相关包或工具的原始文献？比如我要找edger包、Tagetsscan、kegg、go等的文献出处。通过百度可以找到一些相关的文献，但不确定，所以咨询下各位老师！

  • wu 2019-01-03 22:48
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麻烦老师解答一下

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老师，我在用比较基因组学方法做两个物种之间的共线性分析时，是可以筛到某一种基因家族在两个物种中对应的共线性的，但是用下面这种方法做是做不出来某一基因家族在两物种之间的共线性关系的

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如何提取biotype_classs.txt

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5 gtf_extra_biotype.pl biotype_classs.txt 的代码

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perl脚本运行

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进化树构建

  • 2019-01-03 10:38
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你好，我用circos画共线性图，基因离太近只能显示一个，我该怎么设置才能让都显示出来呢

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5 怎么下载ICGC数据库里，某个基因的所有的突变数据

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计算KaKs时，axt文件中两序列长度一致，但是仍然提示“not equal”（详情见下图）

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计算串联重复基因的KA/KS出现以下问题

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5 TCGA数据下载的时侯要有biotype_classs.txt

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老师，我在看菠萝的WRKY基因家族分析时，在看到基因组间共线性分析时有个词orthologous pairs不懂是指啥意思，原本我以为指的是红线菠萝WRKY基因家族，但是貌似不是这样的，请老师指点迷津

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制作染色体位置图和制作进化树分析图 和以及分析motif的意义是什么？有什么作用

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请问你用circos画共线性图时，怎样将设置让基因名称显示在圈外面

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预测基因顺式作用元件，提取序列失败

  • 2018-12-29 21:39
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串联重复基因分析

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5 在转录因子富集分析课程中，Q-value 是0，该怎样理解呢?

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5 get_gene_weizhi.pl 脚本修改

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基因家族分析课时20 比较基因组学分析最后一步生成图片时出现这个错误，无法生成图片