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GATK

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gene-family:v2.0中的blast软件版本

  • 2023-12-13 14:35
1 解决

重测序中两个GATK运行都失败，显示如下代码和图片，麻烦老师进行解答

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docker下载镜像时出现问题

  • Jul 2023-12-13 09:47
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Ran out of memory; automatically trying more memory-economical parameters.转录组建索引一直弹出这句话

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vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-IN.............els |gzip - > clean.vcf.gz这一步输出的vcf.gz文件，用 bcftools query -l clean.vcf.gz | wc -l查看样本名出现报错

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老师好，基因家族聚类结果怎么统计每个物种这两种情况的基因数量啊，multi_ortholog:该家族在所有物种均存在，且至少在1个物种中的成员数大于等于2个；other_ortholog:该家族在至少两个物种中存在，且至少在一个物种不存在；

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做转录组数据分析的时候不出图

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我做基因家族鉴定时为什么有些基因定位不到染色体上

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添加性别和年纪为GWAS影响因素

  • 231 2023-12-11 19:47
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structure样品顺序问题

  • 2023-12-11 15:33
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请问在进行MCScanX绘图那步是输出显示这样，没有图片出来是怎么回事

  • 李 2023-12-11 15:25
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请问命令怎么在服务器上跑

  • 李 2023-12-11 09:54
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老师您好，我想做KaKs批量计算，但是我之前下载的版本是旧版本，网课时限也到期了，script和w.sh里没有关于利用ParaAT来批量计算kaks的脚本和命令，老师您能发给我一份吗，谢谢您

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blastp比对中，为什么相同的Query id与Subject id会有两条不同的比对记录？

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请问我把命令放后台，然后电脑关机想第二天在做的话，命令可以在后台一直继续分析吗

  • 李 2023-12-08 16:42
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老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，但是提取pep序列运行是正确的，这怎么解决呀

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请问在运行MCSCANX查找共线性时出现这个html文件是这样的，是怎么回事，是用的gff和blast文件有错吗

  • 李 2023-12-08 14:27
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做群体遗传分析，需要把indel提取出来嘛只用SNP的vcf文件？

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使用circos对共线性结果进行美化，染色体的标签名字发生重叠，调整了参数也不起效，该如何调整？