GATK - 组学大讲堂问答社区

GATK

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gatk无法利用csi索引

指南针先森 2024-12-25 10:52:47

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老师们好，在生成gvcf文件合并vcf文件时，出现这种警告信息，请问是什么原因，如何处理啊？

渃芷轩 2024-12-23 16:00:08

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按照您昨天提供的IndexFeatureFile 工具来构建gvcf文件索引时，依旧出现报错现象，无法索引，怎么办

啊呀。 2024-10-19 14:48:39

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用GATK call SNP时报错

甜辣辣 2024-07-17 11:29:47

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872浏览

在singuarity使用gatk时调用不了HaplotypeCalle指令

233 2024-07-03 14:57:11

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GATK 报错

Elf 2024-04-03 13:17:37

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使用GATK的GenomicsDBImport合并gvcf导入db时报错Unexpected compressed block length: 1 for /work/GATK/BN14.g.vcf.gz

薄信 2024-03-14 11:38:27

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903浏览

gvcf转换成vcf

蒙头学 2024-03-13 11:07:50

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合并g.vcf

Jay 2024-03-12 19:22:08

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合并g,vcf

Jay 2024-03-11 19:42:35

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用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

东篱 2024-02-20 10:57:33

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变异结果过滤，gatk VariantFiltration

yangxiang666 2024-01-22 10:15:09

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GATK

shidandan 2023-12-13 16:46:28

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老师，请教一下，用gatk call g.vcf.gz格式的文件是，运行中断了，请问怎么样才能和之前跑的数据接着跑，而不是从零开始呢

红红火火 2023-10-30 15:14:43

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合并gvcf时程序终止

诈胡 2022-08-16 10:23:40