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老师,在生成gbcf文件后,发现只运行了前三个染色体的,是我的代码有问题嘛?该怎么解决啊?参考基因组的fasta,fai文件都是好的,前期生成的bam文件也是好的,样品是四倍体,参考基因组是异源四倍体
gvcf
bam
啊呀。
2024-10-25 18:12:20
1
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240
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老师,我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入,但是在将gvcf转换成vcf时,发现在Lc2Ns染色体就结束完成了,这是正常现象嘛,是我使用的近源种参考基因组的原因嘛?我的是简化基因组测序的
VCF
gvcf
db
啊呀。
2024-10-24 23:55:05
1
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223
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老师,问题比较复杂,麻烦您看一下详细的问题描述,小麦基因组
gvcf
db
啊呀。
2024-10-22 12:08:40
1
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219
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老师,我有141个样品,现在IndexFeatureFile,tabix,bcftools都无法成功构建gvcf的索引,只有CSI格式能成功索引,这个格式在后续也用不了,这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛,还是说我只能重新生成vcf文件了
gvcf
啊呀。
2024-10-21 16:30:10
1
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219
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按照您昨天提供的IndexFeatureFile 工具来构建gvcf文件索引时,依旧出现报错现象,无法索引,怎么办
索引
gvcf
GATK
index
啊呀。
2024-10-19 14:48:39
2
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313
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成功得到了gvcf文件后,合并gvcf文件时,在导入db步骤中,由于gvcf文件超出了idx索引的处理范围,因此我使用CSI建立索引后,发现导入db的代码依旧无法运行,需要idx格式的索引,怎么办
gvcf
db
idx
啊呀。
2024-10-16 17:34:41
1
回答
247
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老师,我按照多样本的代码生成gvcf文件后,发现并没有视频里讲解所说的tbi格式的索引文件,这是怎么回事呢,我需要怎么做啊
gvcf
啊呀。
2024-10-15 18:43:50
2
回答
7832
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合并gvcf的问题
GATK
gatk4 HaplotypeCaller
gvcf
米生花
2022-08-11 23:47:55
1
回答
3105
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gvcf转vcf
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Iron
2021-02-10 19:24:59
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