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提到主成分分析,一般我们都是使用Plink,GCTA等软件基于SNP数据来操作,那么如果我们用蛋白质序列,能不能做主成分分析,如何做呢? 答案是可以做,让我们一起来学习怎样做出与文献一样的图吧~
提到主成分分析,一般我们都是使用Plink,GCTA等软件基于SNP数据来操作,那么如何用DNA序列做主成分分析呢? 思路是先比对,之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据,用到的函数是fasta2genlight(),再进行PCA分析及绘图。