泛基因家族分析

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老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，构树过程中，出现以下的过程及警告，请老师帮忙看看是否正常，这些重新序列的编号是否有影响（序列对其修剪后有重复名称已去除），以及我下面的系统发育树这么多是否正常，还是需要筛掉一些？

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老师我做存在缺失分析部分，Fam_gene.list中泛基因编号为什么不是连续的呢

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老师，以下是我的基因家族列表，基因组ID文件，基因家族泛基因列表，以及独有家族基因，下一步要做统计家族成员数量、排序及存在缺失分析，请老师帮忙看看，由于我的基因组名称中C01-C09，L01-L09,Q01-109还有另xiaomi等基因组名称与基因id命名对不上，该怎么修改，以上我没有自己修改内部任何内容

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老师，我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步，前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上，将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改，并排序，但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对，且作不出图

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老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析得到的基因家族泛基因编号文件和泛基因列表一样，不知道为什么

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老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们

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老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

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老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文件非常慢，帮忙修改命令

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老师，我在构建泛基因列表时，做cat pangene_filter.*lifted.anchors | grep -v "^#" | awk '{print $1"\t"$2}'> ../03.jcvi-pan-vs-genome/syn.txt这一步，找不到pangene_filter.*lifted.anchors 是怎么回事

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泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

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泛基因家族分析执行循环时报错

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泛基因，SV ，VCF文件格式为4.2 ，没有课程里要求的SUPP_VEC和SVLEN信息，怎么改？会影响后面分析吧？

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老师您好，我们在水稻泛基因组数据库https://ricerc.sicau.edu.cn/中下载的基因组序列文件，格式不是.fa后缀的，可以用来分析吗，是不是需要转换一下格式？

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