泛基因家族分析

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老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析得到的基因家族泛基因编号文件和泛基因列表一样，不知道为什么

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老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们

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老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

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老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文件非常慢，帮忙修改命令

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老师，我在构建泛基因列表时，做cat pangene_filter.*lifted.anchors | grep -v "^#" | awk '{print $1"\t"$2}'> ../03.jcvi-pan-vs-genome/syn.txt这一步，找不到pangene_filter.*lifted.anchors 是怎么回事

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泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

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泛基因家族分析执行循环时报错

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泛基因，SV ，VCF文件格式为4.2 ，没有课程里要求的SUPP_VEC和SVLEN信息，怎么改？会影响后面分析吧？

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老师您好，我们在水稻泛基因组数据库https://ricerc.sicau.edu.cn/中下载的基因组序列文件，格式不是.fa后缀的，可以用来分析吗，是不是需要转换一下格式？

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