samtools - 组学大讲堂问答社区

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samtools | 提取部分染色体的bam信息

01. samtools提取bam文件中某部分染色体相关信息 samtools view -b -h XX.bam chr1 chr4 >XX2.bam 02. samtools构建bam文件的索引 samtools index XX2.bam

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rzx 发布于 6天前

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BWA比对及Samtools提取mapped reads

筛选出能比对到参考序列的reads，形成新的fastq文件

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星莓发布于 2022-12-20 14:27

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Samtools截取基因组序列（Docker篇）

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安生水发布于 2020-04-28 13:49

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组学大讲堂samtools工具docker镜像使用方法：

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omicsgene 发布于 2020-03-16 17:58

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利用samtools截取基因组上指定位置的序列

利用samtools截取指定位置的序列

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omicsgene 发布于 2020-02-21 19:36

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samtools过滤多重比对reads

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安生水发布于 2019-05-10 10:55

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samtools使用

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安生水发布于 2019-05-10 10:40

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linux下samtools安装指南

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安生水发布于 2018-11-01 10:03

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samtools tview 可视化查看比对结果

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omicsgene 发布于 2018-09-06 16:59

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提取bam/sam文件指定区域reads

若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置 ...

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安生水发布于 2018-05-18 09:34

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如何快速获取多条序列长度信息

如何快速知道你的多个序列的长度呢？这里还是分享一个虚拟机的bio-linux的工具，samtools。命令行格式：samtools faidx xulie.fa(你的序列文件)结果会生成一个 xulie.fa.fai文件，也是就是在...

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landy 发布于 2018-05-11 11:31