tassel

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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

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老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在构建进化树的时候利用run_pipeline.pl -Xmx200G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个命令操作的，但生成的supergene里面有好多命名重复，这是怎么回事？由于这个重复就导致我没法做进化树

  • per 2024-06-04 16:19:02
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tassel跑glm模型报错et.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: importGuess

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tassel报错：net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: tree/out.recode.vcf

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GWAS文件格式转换的时候出问题

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进化树构建

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tassel报错，[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0，软件运行有些表型数据时无问题，但大部分表型数据运行时出现该错误

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Tassel进行自己的GWAS分析中，自动分析pca时，不生成pca1~3文件（使用的是服务器）

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GWAS课程镜像中如何用gapit做单年的表型数据的GWAS关联

  • Iron 2023-10-13 12:47:09
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tassel排序没有结果

  • 231 2023-09-25 20:55:47
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在gwas分析中，单一线性模型没有问题，混合线性模型运行到30%就自动停止了，这是什么原因有老师知道吗？

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构建系统进化树

  • 231 2023-09-14 16:34:15
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Tassel进行自己的GWAS分析中，自动分析pca时，不生成pca1~3文件

  • 993 2023-09-14 15:41:30
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tassel新报错，求老师们看一下[Thread-8] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Index 0 out of bounds for length 0

  • kid 2023-08-10 16:18:58
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尊敬的老师！！恳请您在百忙中帮忙解答！根据群体遗传进化课程我构建进化树，显示如下错误。我的VCF文件通过如下命令进行排序，。排序后VCF文件缩小了很多，是对的吗？是不是我的vcf文件有问题，但是我PCA和STRUCTURE都是可以分析的，急需亲爱的老师们解答！！！

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