比较基因组

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使用docker镜像中的OrthoFinder.py检测单拷贝直系同源基因分析报错

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使用OrthoFinder时单拷贝基因很少，能说说用OrthoFinder结果里的低拷贝基因去建树吗

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老师请问，这种OG0000.。。代表的基因家族扩增还是收缩问题，他们的具体名称在哪里对应查找，比如OG000044代表钙粘蛋白基因家族，还是什么家族有名称吗？

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老师我做比较基因组的时候，准备文件阶段时用ncbi 下载的基因组跑不出来cds和蛋白质文件，麻烦老师您看一下

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ParaAT比对结果产生空的cds_aln.fasta文件

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无根树怎么转化成有根树

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比较基因组数据分类

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请问一下你们在动植物比较基因组中准备数据中使用的代码脚本运用到哪个软件，具体操作是什么？？

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wgd解析运行不了？？

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老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，但是提取pep序列运行是正确的，这怎么解决呀

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老师我想请问比较基因组的问题，我做出来了基因家族扩展收缩的问题，根据课程学习内容，我能提炼出我要研究物种的基因了，但是遇到了一个问题是，假如我想提取一类，比如头足类，该怎么把头足类的所有基因扩展收缩提出来。

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这怎么解决，报错就跑不出单拷贝同源基因

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PAML使用

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比较基因组绘图时报错

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