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105 个回答

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我在win11本地GWAS分析时,进行plink。结果报错了(Segmentation...

你这个plink是1.9吗,你可以用2.0版本的plink试试,再就是你的内存不够

回答于 2025-03-13 18:00

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采用你们课程的:Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r 以...

这个改起来比较麻烦,针对你的数据改图属于个性化分析内容,如有需要请:联系客服

回答于 2025-03-13 17:56

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GWAS做关联区域分析时,根据p值获取关联区域中,为什么要用如下...

这一步不是在合并p值,是在合并snp位点和上下游10kb区域的位置信息,需要做

回答于 2025-03-13 17:50

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在筛选GWAS关联区域内的基因时(LDBlock),基因或者SNP与选定的...

10%是为了捕获的基因多一些,这个参数没有一个固定的标准,视你自己的实际分析情况和你参考的文章为准

回答于 2025-03-13 17:46

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老师,二代测序数据可以GWAS分析嘛?植物上做GWAS的话测序深度5X...

二代测序数据可以做GWAS分析,5x有点低了,但是可以根据深度相应的调整分析参数和过滤标准

回答于 2025-03-12 17:07

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合并GVCF文件

等全部的样品一起合并

回答于 2025-03-11 15:22

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泛基因家族,典型基因和非典型基因的热图怎么做?

你可以看一下这篇参考文献,里面有说明典型基因和非典型基因的界定标准:

回答于 2025-03-07 15:19

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老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建,生成last.txt文...

同学,这个cat指令主要是占用内存和OI,和存储关系不大吧。

回答于 2025-03-06 09:46

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老师,我的结构变异文件是5个梨品种,转录组数据中与sv相同的品...

流程可以做,但主要是看有没有你关注的物种的基因组,看你的分析目的和科学问题

回答于 2025-03-05 10:11

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老师,我有两个分级性状,需要进行BLUP嘛

BLU是针对多年多点数据的,你可以看一下多年多点表型数据的格式:https://www.omicsclass.com/article/940

回答于 2025-03-05 09:41