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ka/ks分析，有的基因没有axt文件
你检查一下pairid文件里面的基因对有没有正常生成，如果只有一个基因是成不了对的，还有检查一下你的pep和cds文件，是不是正常的，如果你的基因序列没有提取成功，后面做分析的时候也会有问题
回答于 2025-02-19 11:26
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[main] unrecognized preset 'china-wild-ibex-clean.recode.vcf...
你参数用的不对吧： tabix -p vcf vcf.gz
回答于 2025-02-19 11:15
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ka/ks分析，拆分泛基因列表，缺少一个基因，泛基因列表有38个，...
不应该会有这种情况，如果你的PAV_gene.list文件里面有的话就会被拆出来的，你检查一下文件每一行是否都有换行符，我记得你上次的问题就是因为最后一行没有换行符？另外就是检查一下列与列之间是否是tab分割的。
回答于 2025-02-18 17:09
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老师，进行结构变异分析时得到了tsv数据，请问需要转变为vcf文件...
tsv和vcf不是两种特殊的文件类型，重点在于如果你要做后续的分析的话需要把文件整理成参考数据的格式，你这个是单一样本的结构变异结果吗，那你需要用SURVIVOR工具去做一个合并，把样本间相同的结构变异merge到一块，方便后续信息提取。
回答于 2025-02-18 09:41
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泛基因家族成员选择压力分析中，构建的热图，很奇怪，我需要如何...
下次可以描述问题清晰一些，你说的怪如果是觉得图例的比例太大的话，可以把格子调大一些，间接的缩小图例： cellwidth=8, cellheight=8,
回答于 2025-02-17 18:07
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请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一...
你这个创建容器的时候报错了，报错内容来看是有些文件丢失了，你重新load一下？另外你不用手动的修改fa文件的内容，根据流程跑就可以
回答于 2025-02-17 16:16
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