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105 个回答

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#提取cds 用基因的id,作为序列的id;;1.这条指令如何修改,我...

同学你对这条指令的理解有误,如果你前面没有错误的话,当前的cds和pep文件的序列名称应该是每一条基因最长转录本的转录本id,这条指令的运行是为了把转录本id替换成对应的基因id,如果有问题,建议检查前面的指令是否运行有误

回答于 2025-02-11 10:46

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老师,为什么cds和pep提取不出来?提取出来是0

同学,提问的时候需要提供你的代码,数据的截图,还有报错信息,你这样没有任何的信息提供老师无法回答,具体参见提问规范:https://www.omicsclass.com/article/82 另外,同一个问题不用开多个帖子问的哈,尽量能让提问者和解答问题的老师都看到上下文

回答于 2025-02-11 10:38

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如何确保.fa和gff3文件的染色体编号一致?手动修改吗;以下是两...

你前面不是有报错信息吗,你就看一下你报错的基因编号是不是在两个文件中都有

回答于 2025-02-10 15:19

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老师,保留最长转录本之后,提取cds和pep,过程出现这个界面,请...

你要确保你的fa文件里面的染色体编号和你的gff文件里是一致的

回答于 2025-02-10 14:50

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老师,这个done之后不动了,开始运行了吗?如何判断呢?

是的,在运行,同学建议你先学习一下linux基础,你的有些问题看一下课程就懂了

回答于 2025-02-10 14:49

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老师,在putty中如何操作;既可以做自己的数据,又不用删掉示例...

内存是你运行的时候占用的计算资源,和存储不是一个意思,你可以先传上去跑一下看看,如果存储和计算资源不够的话可以考虑一下我们的独享服务器:云服务器购买指南

回答于 2025-02-08 17:00

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想问一下泛基因组分析时,基因家族的鉴定中选择a个物种;SV分析...

如果能够获取到其他文章的数据可以使用,但是和你的数据集应该是得对应的上的。

回答于 2025-02-07 09:47

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想问一下泛基因集的构建,如果有相关参考文献有泛基因组的构建是...

泛基因集构建的目的,你可以理解为本质上是确定不同的基因组之间的直系同源基因,可以看一下这篇文章:https://www.omicsclass.com/article/1336

回答于 2025-02-07 09:43

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请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程...

课程中用到的结构变异分析结果以及基因表达量数据表格,这个在我们示例数据的文章里面写了,可能需要你查阅一下相关的文献,看看有没有数据提供,你可以参考一下我们的梳理数据文章里面的材料方法:https://doi.org/10.1101/2021.01.14.426684

回答于 2025-01-23 18:02

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泛基因家族,PAV分析提取id列表,确实一个基因组的信息,只统计...

少了一个换行符,加上就行了

回答于 2025-01-21 11:44