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老师您好，做GWAS分析使用GLM模型时，p值为什么都是-0啊？
同学你其他的模型跑出来结果也是这样还是只有GLM模型是这样的，另外你用多少个样本去做的分析？
回答于 2024-12-03 11:44
genome
因为你没有给我们提供文件的信息，无法具体进行判断，只能通过文件名字推断“Capra_hircus.ARS1.113.chr.gff3.gz”可能是是包含染色体水平的基因组的注释信息文件，具体选择哪个还要看你自己的分析需求
回答于 2024-11-29 11:03
老师，就是我把重测序个体分为三组进行SNP扫描，然后把三次扫描...
GATK做vcf合并的模块应该是CombineVariants吧，具体你可以看一下这篇文章：https://www.omicsclass.com/article/1732，里面有写如何做多个vcf的合并
回答于 2024-11-28 09:33
老师您好 我用tassel软件跑MLM模型时，按照程序跑了好几遍一直报...
同学你的报错信息显示“No genotype data remained after filtering”，说明通过参数进行过滤后所有的snp都被过滤掉了，你可以贴一下你的指令，并且调整一下你的参数 ，有可能是参数设置的过于严格导致的。
回答于 2024-11-26 15:59
是否可以将同源聚类的结果命名成TPS1/2/3
这个主要还是看你自己的研究内容，如果给家族基因命名的话，你也可以基于基因在染色体上的位置进行排序（比较推荐），当然像你说的直接按照从上到下的TPS1、TPS2往下排属于没什么生物学意义的排序方法，看你的分析目的。
回答于 2024-11-20 09:26
AWK整理泛基因集文件出现部分问题
同学你这个，直接awk -F"\t" '{print $1"\t"$2"_"$3}' 13Pan-genes.list > apple13.pan-genes.list 就可以，因为你这个基因名字中间有"_"，所以会被拆成两个字段，要是不理解的话可以再看看awk的使用
回答于 2024-11-06 15:08
老师，请问selective sweep analysis如何分析
同学，选择清除分析是我们遗传进化的课程内容，目前的话我们有多种方法去做，有基于多样性的（FST和π），有基于位点频谱变化的（xpclr和tajimaD），你可以去了解一下相关的分析工具，因为这个分析比较复杂，如果有学习的需求的话可以买我们课程学习的。
回答于 2024-11-01 10:20