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105 个回答

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基因结构变异和表达量的分析

同学你这个每一个样本的一个基因有4个表达量,是做了4组重复吗,可以先求一个blup值再用来分析

回答于 2024-10-30 11:57

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购买服务后,原课程账号需要下载什么文件,转移到新买的服务器账...

同学你买的是录播课吗,那你直接把你当前下载的资料挪过去就行,就是demo data shell script,数据资料是可以联系客服获取的:点击联系客服

回答于 2024-10-29 09:32

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07.SV_and_gene_expression中删除一些不需要的基因的表达量后文...

同学,你看一下你表达量文件的基因id和你的PAV_gene.list对不上呀,你要统一一下,要和示例数据保持一致

回答于 2024-10-28 17:43

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03.PAV 提取物种独有的家族基因时,出现killed ,不能进行代码操...

同学,我们给每个学员分配的内存是有限的,出现这种情况应该是你的内存占用达到了上限,我们不建议你使用我们提供的练习服务器运行大内存任务,如果有这种比较大的数据要做分析的话可以看一下这:windows 中的docker如何设置容器的内存与计算资源 hyper-V - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)

回答于 2024-10-28 09:28

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PAV基因列表中的基因1和基因2出现重复

同学,你这个估计是在泛基因列表的时候就重复了吧,你看一下泛基因列表里面是不是这个基因的同源关系不是唯一的

回答于 2024-10-09 11:36

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下面这张图A的信息是怎么提取的呢

你可以看一下这篇的回答:https://www.omicsclass.com/question/7238 通过结构变异文件你能够找到结构变异的位置信息

回答于 2024-09-25 17:27

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结构变异注释结果文件为空

同学你给我看看你的输入文件,就是那个all_merge.input

回答于 2024-09-24 17:37

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结构变异结果各个信息都代表什么,缺失和插入位点如何查看呢

第一列:变异相对于基因发生的位置,第二列:发生结构变异的基因id,第三列:变异所在的染色体,第四-五列:变异发生的位置坐标,两列0不用管是占位的,后面一列是说明变异的类型,最后一列是附加信息,是我添加上去说明变异发生在哪些基因组中,除了前五列,其余都是附加选项,建议你看下annovar的手册或许对你有帮助:htt...

回答于 2024-09-24 09:44

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KAKS作图问题

同学,问题一,你可以尝试着改变一下这个比例,比如从1/20调整到1/10试试看; 问题二,目前改脚本比较麻烦,建议直接从输入文件那里把不需要绘制的基因删掉更简单

回答于 2024-09-24 09:40

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提取可靠基因家族成员的结构域序列

不应该会没有结果,你的list文件里面的基因id应该来自于你的hmmer文件,你要确保两个文件中的id对得上

回答于 2024-09-14 14:09