回答问题 · 1天前 kaks分析时候基因的txt文件中基因的出现乱序如何使用代码进行统一整理

回答问题 · 1天前 老师，合并后的VCF文件，现在有几品种不想要了，如何从总的VCF文件中删除这几个品种的数据

回答问题 · 1天前 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析，无法获取longest_isoform.gff3文件

回答问题 · 4天前 pav分析，在写文章的时候应该如何写怎么到PAV呢？我是通过课程输入代码来的，写文章怎么写呢？

回答问题 · 2025-03-21 12:56 fastsimcoal

回答问题 · 2025-03-19 16:44 老师您好，针对这个问题https://www.omicsclass.com/question/7725。你们提到：你这个数据里面是不是P值有0的情况，取了对数就无穷大了，导致出问题。但是，我发现里面没有P值为0的情况，那是不是脚本gwas_manhatta

回答问题 · 2025-03-13 18:29 在进行GWAS的LDBlock可视化中，在Win11本地的Docker执行LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -Out

回答问题 · 2025-03-13 18:29 GWAS分析发现的问题如下：第一，过滤水稻vcf的RawData时（群体有176份），我选择的minGQ值为20（同时要移除InDel），结果得出过滤出来的SNPs数量不足1000，但是我查过一些资料，GQ值如果群体数量较少值不得小于20。请问遇到这种情况

回答问题 · 2025-03-13 18:29 在筛选GWAS关联区域内的基因时（LDBlock），基因或者SNP与选定的显著关联区域有百分之多少的交集可以定义为关联区域内的基因或者SNP？视频中说是10%，视频说的10%请问通用吗？这个10%是如何计算的？

回答问题 · 2025-03-13 18:29 采用你们课程的：Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r 以及Rscript $scriptdir/qq_plot.r制作Manhattan图和QQ图后，Manhattan图最高的SNP仅仅显示半圆（如下图），请问如