5天前 回答问题

PASA运行的时候调用到Transdecoder这一步产生的报错，你需要确保输入进去的evm.gff3文件位置信息（phase）是正确的。检查一下这个gene：evm.Tu.chr01.1319 的cds是不是位置上有问题

2024-11-12 18:14 发表了文章

2024-11-12 17:36 发表了文章

2024-11-01 16:34 回答问题

看一下比对的日志文件里面有没有报错说”将氨基酸序列（pep）转换为核酸序列（nuc）时发现了不一致性“，如果有的话，你找到对应基因ID的cds和蛋白序列检查他们之间是不是3倍关系。如果数量不多，可以把这样的基因对删除。 需要paraAT比对的log文件报错信息进一步确认。

2024-10-29 15:31 回答问题

看一下这个文件里面有什么：err_seqcl_genome.repeat.fa.log

2024-10-28 15:12 发表了文章

2024-10-22 13:55 发表了文章

2024-09-30 13:50 发表了文章

2024-09-27 16:38 回答问题

换成这个指令，先生成sam再排序：hisat2 --dta --new-summary -p $threads -x $contig -1 $fq1 -2 $fq2  > rnaseq.sam 2>hisat2.log  && samtools sort -@ 10 rnaseq.sam > rnaseq.bam 

2024-09-27 15:51 回答问题

利用R包RIdeogram可以做