2025-01-13 11:06 回答问题

dadi生成sfs频谱文件的时候参数要修改成自己的群体投射值，参考easySFS的使用 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)，课程里也讲了。模型不对说明前面的python那一步需要调整 -m 后面的参数，指定其他模式。

2025-01-10 17:10 发表了文章

2025-01-03 15:53 回答问题

建议附上合并之后的vcf截图，需要info列的截图和后面的基因型截图。 sv的vcf其“存在与否”信息在info列，可以根据info列自行进行基因型的转换，变成正常0/0 1/1这种基因型之后进行后续分析。

2025-01-03 15:40 回答问题

ONT进行组装前建议矫正。11.smartdenovo.sh中完成组装之后，和近缘物种的线粒体序列进行blast，选择比对次数较多的contig进行后续分析。

2024-12-23 11:25 回答问题

进行自比对去除冗余、blast去除细胞器的组装，如果大小还是没到预期标准可以采用purge_dups进行过滤：GitHub - dfguan/purge_dups: haplotypic duplication identification tool 不太清楚两个单倍型差异如何。如果两个单倍型差异较大，你直接用hifi组装的话会导致基因组偏大。

2024-12-18 11:05 回答问题

同一套数据不同软件组装结果也会有差异，不同数据本身也存在差异。如果ont数据是采用nextdenovo组装的，可以试着用 hifiasm再组一次。hifi数据普遍会比ont数据更碎一些，在去除冗余、细胞器基因组之后差距会缩小一点。

2024-12-18 10:43 回答问题

图2前面都有“#”说明是gff的注释行，显示的内容是你这个gff的contig名称，空格键往下翻就能看到gff的文本内容。你用的这个水稻的gff应该不是我们提供的，我们提供的水稻gff是这样的：

2024-12-13 18:00 回答问题

HiC测序的酶可能和示例数据不一样，建议检查前面的文件是否为空

2024-12-13 17:53 回答问题

这里我只能做一点小建议，感觉调整意义不是很大，可以选择调整前的

2024-12-13 16:00 回答问题

首先主要需要关注的结果是merqury_out.qv这个文件，我看你的一致性都很高，说明组装得蛮好的。 其次你提问的这个文件里面第二列表示的是“基因组中特有的kmer”，这个数目是0说明染色体所有的kmer都可以在测序数据里面找到，也是表示这个染色体组装一致性高的意思。