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比较基因组构建进化树，通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致ki...
处理大文件时，Seqtk 可能会占用大量内存，导致系统资源不足或程序崩溃，根据具体需求，调整 Seqtk 的参数以减少内存使用。例如，使用 -C 参数折叠长行
回答于 2天前
请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程...
下图的结果是基因集构建的另外一个结果，基因集构建会出来两个结果，其中final.last.gene.pair.txt是符合泛基因家族需求的结果
回答于 2025-01-23 17:58
老师 就是我做到基因流tremix哪里的时候 生成后面的文件是空的...
dadi生成sfs频谱文件的时候参数要修改成自己的群体投射值，参考easySFS的使用 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)，课程里也讲了。模型不对说明前面的python那一步需要调整 -m 后面的参数，指定其他模式。
回答于 2025-01-13 11:06
二代和三代sv数据合并出现问题，若能回答，万分感谢
建议附上合并之后的vcf截图，需要info列的截图和后面的基因型截图。 sv的vcf其“存在与否”信息在info列，可以根据info列自行进行基因型的转换，变成正常0/0 1/1这种基因型之后进行后续分析。
回答于 2025-01-03 15:53
线粒体基因组组装挑选contigs的标准是什么？
ONT进行组装前建议矫正。11.smartdenovo.sh中完成组装之后，和近缘物种的线粒体序列进行blast，选择比对次数较多的contig进行后续分析。
回答于 2025-01-03 15:40
基因组偏大
进行自比对去除冗余、blast去除细胞器的组装，如果大小还是没到预期标准可以采用purge_dups进行过滤：GitHub - dfguan/purge_dups: haplotypic duplication identification tool 不太清楚两个单倍型差异如何。如果两个单倍型差异较大，你直接用hifi组装的话会导致基因组偏大。
回答于 2024-12-23 11:25
hifi组装和ont组装n50小了十倍正常吗？
同一套数据不同软件组装结果也会有差异，不同数据本身也存在差异。如果ont数据是采用nextdenovo组装的，可以试着用 hifiasm再组一次。hifi数据普遍会比ont数据更碎一些，在去除冗余、细胞器基因组之后差距会缩小一点。
回答于 2024-12-18 11:05
基因组注释问题
图2前面都有“#”说明是gff的注释行，显示的内容是你这个gff的contig名称，空格键往下翻就能看到gff的文本内容。你用的这个水稻的gff应该不是我们提供的，我们提供的水稻gff是这样的：
回答于 2024-12-18 10:43