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代码报错
换成这个指令，先生成sam再排序：hisat2 --dta --new-summary -p $threads -x $contig -1 $fq1 -2 $fq2 > rnaseq.sam 2>hisat2.log && samtools sort -@ 10 rnaseq.sam > rnaseq.bam
回答于 2024-09-27 16:38
MCScanX没有结果怎么用circos作图
MCscanX没有结果的话正常是无法用circos绘图，你可以尝试用blast的结果整理成circos所需的共线性文本格式
回答于 2024-09-19 17:52
能否不跑Repeatmasker 产生结果文件contig.fa.tbl
为了维持统计表格的一致性，还是建议再跑一次RepeatMasker。也可以手动统计，如果你有足够的linux基础，可以手动统计每个MITE类型的序列数目、序列总长度、在基因组的占比等，再手动写到表格里。但是你的gff也需要重新整理MITE信息。 可以参考后面一步RepeatMasker汇总重复信息再跑一次信息统计，命令如下： RepeatMasker...
回答于 2024-09-13 11:05
重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据...
我们的示例数据输出文件里面该文件内容如下： 建议check一下你的*_blast_results.txt是否正常，如果为空 检查 ${SPROT} 变量是否赋值
回答于 2024-09-11 10:14
RepeatMasker输出没有.divsum文件
文件contig.fa.divsum是calcDivergenceFromAlign.pl生成的，不是repeatmasker的结果
回答于 2024-09-11 10:03
LTR注释相关疑问
1.检查一下LTR_HARVEST_parallel、LTR_FINDER_parallel的结果是否完整 2.未能生成tbl文件，生成tbl需要调用RepeatMasker，确认你的环境里有这个软件
回答于 2024-09-09 17:20
Liftoff的Python脚本运行出错
检查一下你的chr.txt里面是不是有第一列为6的，第一列是ath.fa.gz（参考基因组）的染色体编号，ath.fa.gz里面没有名字叫做6的染色体。 或者你可以去掉 -chroms chr.txt再运行
回答于 2024-09-09 17:08