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重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据...
我们的示例数据输出文件里面该文件内容如下： 建议check一下你的*_blast_results.txt是否正常，如果为空 检查 ${SPROT} 变量是否赋值
回答于 2024-09-11 10:14
RepeatMasker输出没有.divsum文件
文件contig.fa.divsum是calcDivergenceFromAlign.pl生成的，不是repeatmasker的结果
回答于 2024-09-11 10:03
LTR注释相关疑问
1.检查一下LTR_HARVEST_parallel、LTR_FINDER_parallel的结果是否完整 2.未能生成tbl文件，生成tbl需要调用RepeatMasker，确认你的环境里有这个软件
回答于 2024-09-09 17:20
Liftoff的Python脚本运行出错
检查一下你的chr.txt里面是不是有第一列为6的，第一列是ath.fa.gz（参考基因组）的染色体编号，ath.fa.gz里面没有名字叫做6的染色体。 或者你可以去掉 -chroms chr.txt再运行
回答于 2024-09-09 17:08
基因组注释数据库解压失败
在周老师给的链接里更新了md5文件，建议先md5检查一下数据完整性 看了一下报错，选择使用 tar xvf database.tar.gz 看看是否可行
回答于 2024-09-09 13:30
能使用mummer进行基因组组装的辅助挂载吗？如果可以，能分享一下...
ragtag是用mummer做的比对然后挂载的。可以使用ragtag的scaffold功能
回答于 2024-08-16 18:16
老师 就是Rhododendron_delavayi 和Rhododendron_irroratum这两...
这边报错显示你的gff3格式可能存在问题，少于8列，建议检查一下gff3
回答于 2024-08-14 14:32
老师 请问以下就是circos图中，染色体怎么设置才能使按照1到13...
1. 染色体顺序 需要检查一下circos绘图配置文件提供的karyotype文件，比如我这里就是Vitis_vinifera.karyotype.txt这个文件： 主要检查第三列和第四列，看看是否是自己想要的顺序 如果这里没问题但是顺序仍然不是自己想要的，可以在配置文件里强行指定顺序： chromosomes_order=1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,1...
回答于 2024-08-14 14:30