omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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用GATK call 变异的时候，分染色体还是很慢，能不能增加线程或别...

对的，样本多需要计算资源多，慢正常的。可以加大计算资源，多投任务；我们也有代分析服务加快速度，可以联系客服了解：联系客服处理：点击联系客服

回答于 6小时前

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利用GATK 分染色体call 变异时出现错误

bash \ 后面不要有任何字符包括空格； for i in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \ -R $REF \ -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ -O ${i}.${Chr...

回答于 22小时前

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请问老师，为什么显示找不到文件呢，已经尝试过重新传输文件

filezilla 上传的是容器外的路径，注意区分在docker容器里面还是在容器外面；你这个命令行在容器里面，文件路径是容器外的路径；你重新打开一个putty，不要启动docker 容器，查看文件上传情况；

回答于 1天前

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我在做T2T，docker下载T2T镜像错误

docker hub 国内访问不了，需要组学大讲堂的镜像，可以凭订单号找客服索取：联系客服处理：点击联系客服

回答于 1天前

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GATK 很慢，怎样分染色体CALL 变异

是的，你可以通过分染色体来并行化GATK HaplotypeCaller的运行，这会显著提高处理速度。以下是分染色体运行的方法：方法1：使用-L参数指定染色体 for chr in chr1 chr2 chr3 ; do gatk --java-options "-Xmx50g" HaplotypeCaller \ -R $REF \ -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ -O ${i}.$...

回答于 1天前

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