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老师，在生成gbcf文件后，发现只运行了前三个染色体的，是我的代...
建议用命令检查染色体数量: cut -f 1 demo.vcf| sort|uniq -c #压缩的zcat demo.vcf.gz|cut -f 1 | sort|uniq -c 检查gvcf 里面的数据是不是全的。不全重新跑，输出的时候输入文件后缀不要加gz 检查你的db导入是不是漏掉染色体了； 由于下游的分析软件很少有支持多倍体的vcf的，一般多倍体也当做2倍体分析；--sample-...
回答于 2024-10-25 18:27
不能使用scripts中的vcf2map.pl脚本
文件路径不对，你用 ll命令检查一下路径是否正确：ll /work/scripts/看看相应的文件是否存在；
回答于 2024-10-25 16:23
老师，我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入，但是在将gvcf...
看看结果吧，结果的VCF里面染色体是不是全的，你看看的； 有些特别短的scaffold可能就是没有SNP的；
回答于 2024-10-25 09:23
老师，问题比较复杂，麻烦您看一下详细的问题描述
超过500M的染色体，GATK 索引不支持压缩的gvcf，但是解压的可以； 解决办法 1.解压g.vcf.gz gunzip demo.g.vcf.gz2. 解压后的vcf文件建立索引：gatk --java-options "-Xmx50g" IndexFeatureFile -I demo.g.vcf3.用解压后的g.vcf导入数据库
回答于 2024-10-22 14:03
成功得到了gvcf文件后，合并gvcf文件时，在导入db步骤中，由于gv...
The problem is in the zipped (g.vcf.gz) files, for big genomes (chromosomes with size of > 500 mbp), the tbi index format can handle chromosomes up to ~ 530 Mbp. Indexing with csi is the option for large genomes with large chromosomes, but unfortunately, CombineGVCF and GenomicsDB don't accept it...
回答于 2024-10-22 13:57
linux里不能通过 sudo docker pull omicsclass/samtools:latest...
docker hub 国内上不了了，如果购买我们课程可以 ： 联系客服处理：点击联系客服
回答于 2024-10-22 09:47
老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时，因为样本过多（...
你这个信息截图不全，没发现有什么异常的报错； 最后的信息也是warn警告信息，不影响结果的； 看一下服务器内存是多少，内存不够运行样本太多也会报错； free -h #查看内存
回答于 2024-10-21 18:13
老师，我有141个样品，现在IndexFeatureFile，tabix，bcftools都...
看看服务器内存多少，内存不够也可能出现这个问题： free -h #查看内存
回答于 2024-10-21 18:07