非模式物种建议参考egg NOG注释之后,自己构建数据库做GO和KEGG富集分析,课程已经更新:https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM
回答于 2024-07-04 09:59
默认是按照字符排序的,可以在代码里面修改; 或者你自己修改染色体名字,在个位数前面加0
回答于 2024-07-04 09:55
购买了我们的课程可以凭订单号,给你发本地版本的docker镜像,联系王老师QQ:504026756
回答于 2024-07-04 09:53
那可以这样写: --ident.2 不设置即可 Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \ -p FindMarkers --ident.1 "CD4 Naive T" --test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25 可以这样看看脚本帮助:
回答于 2024-07-02 17:37
不知道你的PCA行是样本还是列是样本, 我们一般行是样本,列是主成分。你删除第一行有问题吧;
回答于 2024-07-01 10:09