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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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单细胞测序数据KEGG富集分析执行代码后报错

非模式物种建议参考egg NOG注释之后,自己构建数据库做GO和KEGG富集分析,课程已经更新:https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM

回答于 2024-07-04 09:59

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猪单细胞数据差异基因KEGG富集分析

单细胞转录组 富集分析只支持人和小鼠的;目前不支持猪的;

回答于 2024-07-04 09:56

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使用重测序的var_density.R脚本没有按照染色体正确排序,这个怎...

默认是按照字符排序的,可以在代码里面修改; 或者你自己修改染色体名字,在个位数前面加0

回答于 2024-07-04 09:55

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docker pull omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 #下载镜像报错,请问...

购买了我们的课程可以凭订单号,给你发本地版本的docker镜像,联系王老师QQ:504026756

回答于 2024-07-04 09:53

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镜像安装

可以的额,联系QQ群管理员 王老师:661227177

回答于 2024-07-02 17:42

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镜像安装,镜像安装

可以的额,联系QQ群管理员 王老师:504026756

回答于 2024-07-02 17:42

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单细胞测序数据差异分析

那可以这样写: --ident.2 不设置即可 Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \    -p FindMarkers  --ident.1 "CD4 Naive T"     --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  可以这样看看脚本帮助:

回答于 2024-07-02 17:37

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Treemix分析中无法生成input.frq.strat文件

有报错信息吗?建议你截图说明问题; 检查输入文件是否和课程例子一致的格式;

回答于 2024-07-01 10:10

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请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联...

不知道你的PCA行是样本还是列是样本, 我们一般行是样本,列是主成分。你删除第一行有问题吧;

回答于 2024-07-01 10:09

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为什么启动不了镜像?

建议截图说明问题,有时候自己贴错命令都不知道; 看命令行是没有问题的;

回答于 2024-07-01 10:06