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老师，为什么我找的家族在本物种里的结构域会这么少呢？换了个物...
家族基因的数量，不同的家族数量差异大； 你查查文献看看相同的家族在近源物种中的数量。如果数量也差不多这么多说明没问题；如果差异太大可能有问题； 有问题你检查输入的基因组蛋白数量全不全是否有遗漏等；
回答于 2024-06-26 17:42
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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bn...
转换的phy文件打开看一下，这里DNA的核酸编码：https://www.omicsclass.com/article/409，是不是还有其他字符？ 检查一下；
回答于 2024-06-26 17:36
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RNA 速率分析Pseudotime vs latent time
Depending on what mode you run scVelo in (the default stochastic model or the dynamical model) you will get a metric called velocity_pseudotime (stochastic) or latent_time (dynamical) the differences are in how it calculates the splicing model but they're both metrics of cell's position in time li...
回答于 2024-06-26 07:19
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PSMC分析没有查到mutation rate
对的可以参考亲缘关系近的物种：例如单子叶植物或者双子叶植物有通用的突变速率：https://www.omicsclass.com/question/896
回答于 2024-06-25 13:54
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老师好，我在做群里遗传进化算pca时，得到的文件都是0。
那是不是有包错信息，你可以截图看看的额，不然不知道什么原因； 可能是你的输入文件有问题吧，你吧你的输入文件都打开看看的；
回答于 2024-06-24 13:23