omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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rnaseq分析中片段inner size出现问题

没有找到成对read的比对，你这个转录组是不是单端测序，单端测序没法评估这个；或者你hisat比对的时候，输入read1文件和read2 文件，错误的都是输入read1 文件或者都是输入的read2 文件，检查命令行是否错误；

回答于 2024-05-21 09:52

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这个权重值没有统一的标准，可以根据自己的需要选择多个筛选阈值，分析hub基因，直到筛选合适的； cytoscape也有一些插件可以帮助我们筛选hub基因：MCODE

回答于 2024-05-21 09:34

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DNA 那一行，是因为属于DNA转座子但是没有子类；其他的，比如LINE转座子，所有的都有子类；

回答于 2024-05-21 09:31

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如果要去掉图例的黑框添加代码： kegg_point + theme(legend.key=element_blank())

回答于 2024-05-20 10:17

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添加不上，报错了吗？我们这个脚本会额外添加一列细胞分群信息到rds的metadata列里面，列名就是celltype

回答于 2024-05-20 09:38

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你的这两段是重复序列（一样的序列），可能是细胞器基因组，或者其他，你再检查检查；

回答于 2024-05-20 09:35

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输出的错误提示GFF3格式问题，你看看具体是哪个GFF文件报错了，检查一下；上图截图的GFF文件我看看是正常的；

回答于 2024-05-17 17:12

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你这个是软件安装问题。请使用我们的docker镜像分析数据，我们的镜像安装好了软件就不会有这个报错了；不然你需要安装bioperl这个包；另外我们的课程已经更新，建议学习新本课程；https://bdtcd.xetslk.com/s/1BAqPp

回答于 2024-05-17 17:10

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如果是用的是我们提供的镜像，那你这个vcf文件对应位置的SNP可能有问题，或者基因组上这个位置碱基是不是杂合的，你检查一下；

回答于 2024-05-16 15:44

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如果太慢多给些线程--cores ; -k 值自己选择吧，不比较运行到k 3 也可以；

回答于 2024-05-16 12:16