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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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vcftools无法使用

请使用我们的docker镜像分析数据,避免软件安装错误导致无法分析数据; vcftools没有安装正确可以找你的服务器管理员帮你解决一下;

回答于 2024-04-11 11:48

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qiime2结果导出

镜像已经升级,请使用最新的镜像及课程分析数据:https://www.omicsclass.com/article/2371 如果使用老版本的课程,你看看你是不是用错镜像了;导致软件没有找到;

回答于 2024-04-11 08:21

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GWAS分析中,发现最显著的信号SNP的位置是在一个基因的同义突变...

由于与表型关联的SNP附近区域都具有连锁性;并不一定最显著的SNP是关键引起功能差异的SNP,例如,以下文章中起作用的就不是最显著的SNP; 红色箭头处

回答于 2024-04-10 09:34

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Plink可以计算IBD吗?

可以计算IBS: #plink 方法 :plink IBS 方法检测离群样本:https://zzz.bwh.harvard.edu/plink/strat.shtml#outlier plink --vcf all.clean.vcf.gz    --cluster --neighbour 1 5 --allow-extra-chr -out outlier_ibs --mds-plot 4 IBD计算不清楚

回答于 2024-04-09 10:11

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串联重复基因对

差异大说明分化时间久; 进化的意义你看看这个:https://www.omicsclass.com/article/699

回答于 2024-04-09 10:08

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基因鉴定数量太多(好几百)可能会是什么原因?

看看这个问题:https://www.omicsclass.com/question/6733

回答于 2024-04-07 13:42

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GWAS文件格式转换的时候出问题

输入的VCF文件格式有问题吧,你检查第一列染色体是不是有异常;

回答于 2024-04-07 09:29

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对orthofinder结果绘制花瓣图代码报错

物种个数太少了就不要绘制花瓣图了,也不好看;有韦恩图就行了;

回答于 2024-04-07 09:28

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GWAS关联

表型看看有没有极端值尝试删除一下试试; 还有就是MAF应该过滤一下;如果有群体结构需要在模型里面加群体结构作为协变量做矫正

回答于 2024-04-07 09:27

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基因家族鉴定

看看基因组 1.2和2.0有啥区别,看看说明; 再看看类似物种家族成员数量,差别不要太大

回答于 2024-04-07 09:23