没有基因组,可以做无参转录组对转录本进行拼接,就可以得到转录本序列,然后做基因家族鉴定。 二代测序,或者三代测序都是可以的。
回答于 2018-09-22 17:22
ova文件存放的目录路径当中不要有中文试一下。 或者参考:https://www.omicsclass.com/article/426
回答于 2018-09-21 11:15
建议你学习一下这个课程:biolinux的虚拟机安装见视频课程:《Linux生信分析环境搭建Bio-linux》
回答于 2018-09-21 09:05
比较及共线性分析可以用一下MUMmer这个软件,专门做基因组比较的:http://mummer.sourceforge.net/ 不同物种的叶绿体,可以拿一些叶绿体比较保守的基因做做进化树分析,参照:https://www.omicsclass.com/article/226 , https://www.omicsclass.com/article/114 叶绿体基因组做的不多,不是很熟。
回答于 2018-09-20 10:17
A contig is a contiguous length of genomic sequence.A scaffold is composed of contigs and gaps. Gap length can be guessed by incorporating information from paired ends or mate pairs What is a Scaffold?A scaffold is a portion of the genome sequence reconstructed from end-sequenced whole-genome shotg...
回答于 2018-09-20 09:52
你上图中的命名规则我不是很清楚,你不需要理解别人的命名规则, 你要理解自己的数据,基因的信息都记录在基因组的gff文件里面,你仔细看一下gff文件内容,包括基因的位置信息,基因的ID,基因的转录本ID等等信息都有的; GFF3文件说明:https://www.omicsclass.com/article/306 看你截图的文件是gtf格式,这个格式的文...
回答于 2018-09-20 09:43
默认没有行注释的快捷键,要自行添加 我用的3.12,在“工具-首选项”,分类里选“工具--键盘”,类型选“编辑”,命令找到“行注释”,在“按下新的快捷键”里按下键盘即可,之后点“分配”。 命令里还有“取消行注释”(仔细找,命令实在是很多),也可以设个快捷键。不过这个不能和“行注释”相同。 同样的方法也可以设...
回答于 2018-09-19 20:25
在word里面,插入符合对话框中,“字体times and new roman”,子集“广义标点”里面也可以找到。
回答于 2018-09-19 18:15
批量引物设计,可以使用primer3完成,这里有个类似的脚本可完成:https://www.omicsclass.com/article/195 如果只是几十个,在线的primer3web也可以手动一个一个的完成:http://primer3.ut.ee/ 或者DNAMAN手动设计引物也是可以的; 如果有成千上万的引物需要设计可观看视频里面有引物设计脚本编写流程:perl高级编程课程
回答于 2018-09-19 09:08