你得看看你的基因的位置在scaffold的什么地方,基因位置如果太靠近scaffold的开始,那么基因的前面就不足1500bp的序列供提取上游1500bp的序列,所以没有提取成功; 另外,你也说了你的scaffold总长才:1687bp,再加上基因的长度,哪里还能提出基因上游的1500bp?
回答于 2018-09-05 19:13
biolinux用户密码: 用户:manager密码:manager 用户:root密码:manager 更多关于biolinux见:https://www.omicsclass.com/article/169
回答于 2018-09-05 14:02
get_gene_weizhi.pl这个脚本你可以修改一下,参考:https://www.omicsclass.com/article/175 get_gene_gff.pl 脚本代码我忘记了,应该也是类似的修改; 建议学习一下perl语言:生物信息perl语言学习视频课程:《perl入门》《perl高级编程》
回答于 2018-09-05 10:36
样品编号命名应该规范,在送样之前就应该考虑好样品的命名,做到命名清晰明了。 为方便计算机分析处理数据,这里总结一下命名方法: 1.样品命名做到:英文字母+数字组成;可以用下划线“_ -”作为分隔符; 2.样品命名不要纯数字 3.样品命名中不要出现中文 4.样品命名不要有特殊字符如:“!@#¥%$&*)(+=” 等等 5.命...
回答于 2018-09-05 10:28
可以提前单独先安装一下GO.db,见 http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/GO.db.html 由于GO.db没有安装成功,所以你的WGCNA包应该是没有加载成功,所以没有这个goodSamplesGenes 方法; 你安装好GO.db之后再安装WGCNA,然后加载WGCNA包后再试一下;
回答于 2018-09-05 10:03
应该提前安装R语言的编译环境: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ 更多可观看《R语言入门视频》
回答于 2018-09-04 19:32
应该是C盘的磁盘空间不足,至少30G空余才行,不然换个磁盘导入; 还有,可能是下载的biolinux的ova包 没有下载完整,或者文件损坏,请重新下载再导入试一下;
回答于 2018-09-04 17:44
VERR_DISK_FULL错误,磁盘空间不足,至少需要30g的磁盘空余。清理一下磁盘。
回答于 2018-09-03 19:03
可以看一下这个,了解kaks的意义:https://www.omicsclass.com/article/699
回答于 2018-08-31 17:07