需要翻墙,看看这个:https://www.omicsclass.com/article/85
回答于 2018-08-30 09:20
通过调试,发现,输入的基因位置文件由于在windows当中用editplus编辑过,因此产生的换行符和linux当中不兼容,导致脚本不识别所以没有结果; 建议不要在windows当中操作修改文件再保存,如果要操作一定要统一编码格式utf-8:具体editplus设置方法如下: https://www.omicsclass.com/article/395
回答于 2018-08-29 09:26
可以做的,miRNA对应多个靶基因,多个miRNA的靶基因可能有共有的,这样就会形成网络。 你可以准备miRNA和基因对应的文件,就可以利用cytoscape绘制网络了;
回答于 2018-08-29 09:23
你的问题有些饶,不知道你要得到结果文件是什么样子的,这是ncbi分类数据库的下载地址以及说明,你可以根据文件内容之间的对应关系,写个perl脚本应该可以完成。 分类数据库下载taxid 和gi 的对应文件:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/ 其中的文件1:nodes.dmp tax_id -- node id in GenBank taxonomy datab...
回答于 2018-08-26 13:33
觉得还可以吧,可以用figtree编辑美化一下;https://www.omicsclass.com/article/62 不知道你认为高大上的进化树是什么样的?
回答于 2018-08-26 06:52
可到基因组数据库当中下载: 参照JGI数据库网站:https://www.omicsclass.com/article/50 ensembl基因组数据库网站:https://www.omicsclass.com/article/58 如何利用基因组数据库视频课程:https://www.omicsclass.com/video/16
回答于 2018-08-25 21:44