苹果笔记本也是可以安装的,下载软件的时候都下载对应mac版本就可以; 你的这个错误只有贴图我这不好说是哪里出来问题;请详细说明问题,参照:https://www.omicsclass.com/article/82
回答于 2018-08-10 11:10
blast比对比较粗放,很多部分比对的结果也在里面,所以你要对比对结果进行筛选,筛选出比对较好的结果,可以认为是同源基因: (a) length of alignable sequence covers [75 % of longer gene, and (b) similarity of aligned regions [75 % (Gu et al. 2002). 但是鉴定蛋白家族还是用hmmsearch搜索比较好。 参考文献 Gu...
回答于 2018-08-09 13:04
这个重复相没有描述清楚,我这不好回答你的重复是什么,你再多提供一些信息,提问要注意方法。参考:https://www.omicsclass.com/article/82
回答于 2018-08-09 12:50
当然可以的,用这个号到pfam上下载对应的隐马尔科夫模型,用hmmsearch对该物种所有的基因的蛋白序列进行搜索,就可以得到该物种的所有具有这个结构域的基因;
回答于 2018-08-09 12:48
可以用R里面的根据分组求平均值,代码如下: data=read.csv("test.csv")group=data$TaxonomymyMeanFun<-function(x){ tapply(as.double(x),group,mean) }mydata=data[,-1]mean=apply(mydata,2,myMeanFun)write.csv(mean,file = "mean.csv")
回答于 2018-08-08 23:36
fastq文件有规律:4行为一条记录,统计一下行数最后除以4就得到read的数量,更多fastq说明《illumina二代测序原理及fastq视频课程》; 批量获取文件的行数可写一个循环: 统计当前目录下的以fastq.gz结尾文件的行数: ls *fastq.gz|while read a;do echo "$a";zcat $a |wc -l ;done
回答于 2018-08-08 21:55
你做的是两个物种基因组比对吧,MCScanX左右调换了一下,应该不影响后续分析吧;
回答于 2018-08-07 15:43
这种多基因组间的比较形式的MCScanX结果,MCScanX有脚本可以直接实现,参考:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/example3.php 红框框处就是示例结果:
回答于 2018-08-06 10:44
最好贴一下报错图片或者粘贴报错信息,不然我这只能推测你的错误: 最新的JDK10好多软件没有及时更新上,有可能会报错;建议安装jdk8试一下。安装方法见:https://www.omicsclass.com/article/298
回答于 2018-08-05 14:28