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安装StringTie最后执行./stringtie出现Error: no input file pro...
命令后面 （stringtie）后面应该跟一些输入输出参数，你什么都不给它，当然会报错，提示没有输入文件了。它（stringtie）都不知道要干什么，建议查看一下帮助，如何使用。
回答于 2018-07-10 09:29
怎么安装虚拟机
安装虚拟机，可参照我们网易云课堂：《Linux生信分析环境搭建》课程有详细说明. 如果安装遇到问题，可在我们网站上搜索答案，或者阅读 这篇文章后再提问：https://www.omicsclass.com/article/82
回答于 2018-07-08 09:50
R 语言批量做相关性分析correlation
可以把每个基因的转录组和蛋白组的表达数据整理成一个表格，每一行代表一个基因，例如我下面的表格整理了，转录组和 蛋白组的表达数据，左边8列是蛋白数据，右边8列是转录组数据，需要对每一行求相关性； 可以做蛋白质组和转录组之间的相关性。 corResult=apply(fpkm,1,function(x){ cor(x[1:8],x[9:16],method="spea...
回答于 2018-07-06 15:04
超大的文本文件如fasta，fastq文件在windows中如何打开
这里推荐pilotedit软件（下载地址：http://www.pilotedit.com/index.html），专门用于windows当中打开超大文本文件，免费版本就可以打开最大10G的文件；收费版本甚至400G的文件都么有问题； 如果在linux当中就简单多了，用less命令就可以。 更多fastq说明《illumina二代测序原理及fastq视频课程》 更多生物信息课...
回答于 2018-07-06 10:44
预测序列cds区域或者ORF的在线网站？
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/ 只是知道，没用过，用过的可以留言交流。
回答于 2018-07-05 14:05
差异基因分组做维恩图如何得到共有基因特有基因列表等等
这里介绍一个绘制韦恩图的R包Vennerable 可以实现，例如绘制维恩图代码： library(Vennerable) data(StemCell) w <- Venn(Sets=StemCell[1:2]) plot(w, type="circles") 例如，我想得到韦恩图当中，219,404,875背后的基因ID信息，这些信息都存储在w这个变量中： 其中01变号就对应了不同的分组基因的数量，...
回答于 2018-07-04 12:11
R语言中$符号和@符号取值区别？
$是S3类的引用方式，@是S4类的引用方式$比较常用，@比较少用。通常我们的data.frame, list. 向量等用$就可以；S4也有例如，有个维恩包Vennerable：下面的w 就是S4类型，想取得里面IntersectionSets，信息必须用@符号：library(Vennerable) data(StemCell) w <- Venn(Sets=StemCell[1:2]) plot(w, type="squares") w@In...
回答于 2018-07-04 11:56
BSA混池测序中SNP-index的计算方法？
答：SNP index的计算是对子代池中SNP的一种统计方法，其原理是利用测序reads对每个碱基位点的碱基进行统计，以某一亲本或参考基因组为参考，统计子代池中和亲本或者参考基因组在某一个碱基位点相同或者不相同的reads条数，计算不相同reads条数占总条数的比例，即为该碱基位点的SNP index。对于有两个子代池数据的项目，我们...
回答于 2018-07-02 09:01
纯合SNP和杂合SNP的定义？
答：纯合SNP和杂合SNP是SNP calling软件如GATK或者SAMtools根据测序深度、碱基质量值、比对质量值和基因型质量值等综合判断出来的纯合和杂合，简单来说，纯合SNP可以认为该位点测到的所有reads只是一种碱基类型，杂合SNP为二种或二种以上的碱基类型，不排除特殊位置。
回答于 2018-07-02 08:58