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关于fasfa格式文件问题？在一些物种序列文件里除去染色体以外的...
基因组组装的时候，有些片段无法挂载到染色体上，因此除了染色体外还有一些片段留在参考基因组当中，有的基因组将这些片段之间加N链接成super序列，也有的直接不处理以scoffold出现，具体可查参考基因组网站的说明。
回答于 2018-07-19 10:46
如何评价系统进化树的构建的结果
可以适当删除一些比对较差的GAP区域，保留比对结果中比较保守的区域，再进行系统进化树构建。至于系统进化树的好坏，可以变换下参数，再做几次，看看有没有符合预期的；
回答于 2018-07-18 17:42
老师，请问您们一下，我有使用McScan的经验，但是McScanX的是由...
这条代码是 blast 比对： query_file：替换自己查询fasta序列文件，使用的是blastp，输入文件为蛋白质序列； database：输入blast比对数据库文件路径； xyz.blast：输出文件 其他参数默认照抄就好了 更详细的可观看：《基因家族视频课程》有详细操作说明。
回答于 2018-07-18 09:52
氨基酸序列比对图可以做彩图吗？
有很多软件可以实现，如下： MEGA、DNAStar(MegAlign)、DNAman、T-coffee( http://tcoffee.vital-it.ch/apps/tcoffee/index.html )、 ESPript(http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/)； ESPript结果： MEGA比对结果：
回答于 2018-07-18 09:43
老师，您好！想请教一下，这几个问题纠结了一个月了，麻烦老师了...
1.hg19和hg38不同的基因组版本，本身参考序列就有差异，反应在位置上也会有差异，正常的。真想看看差异，可以把不同版本基因组的对应的UTR序列截取下来看看有没有差异。
回答于 2018-07-17 14:06
r读取数据报错did not have 66 elements
你检查你的，输入文件，第一行是不是有问题，确定是不是66列；再看看文章:如何提问。现有的信息只能帮你到这里。
回答于 2018-07-12 17:39
如何鉴定一个基因家族
一类基因家族的基因，往往都含有相同的保守结构域，这些保守结构域收录在pfam数据库当中。 基因家族的鉴定可采用hmmer搜索的方法： 首先你要知道你要研究的基因家族的Pfam编号，然后可到pfam数据库当中根据编号下载对应的保守结构域的隐马尔科夫模型，就可以用hmmer根据你下载的隐马尔科夫模型搜索鉴定自己物种中的基因家...
回答于 2018-07-12 17:22
如何计算串联重复基因的KA/KS
计算串联重复基因的KAks有专门的软件：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022907600072 详细用法可观看基因家族视频课程。
回答于 2018-07-12 17:13
MCScan进行基因共线性分析的原理是怎样的？
共线性分析的原理，这里可以简单的说明一下：例如这里有两个基因组分别来自不同的物种，将两个基因组当中所有的基因互相用blast比对，然后MCScanX会利用比对关系，发现基因组之间的共线性关系，例如下图，两个红方框之间有一串基因存在很强的同源性，且一一对应，那么就可以认为两个基因组之间的这两个区段存在共线性关系。...
回答于 2018-07-12 17:10
可不可以用转录组重测序的原始数据来分析其中microRNA等ncRNA的...
lncRNA 为长链非编码RNA，长链非编码RNA有带polyA结构的，也有不带polyA结构的，常规的转录组mRNA建库会使用ployT磁珠筛选mRNA，理论上那些带ployA尾巴的lncRNA也会存在于普通mRNA转录组测序的数据当中，是可以分析这部分内容的，但是会丢掉很多lncRNA的信息。通常测lncRNA公司会建议多测一些数据，以检测那些表达量较低的l...
回答于 2018-07-12 10:19