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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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各位老师好,经过过滤低丰度和低共有的OTU表格还需要抽平吗?

过滤这一步是在抽平之前过滤

回答于 2024-02-19 09:51

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tassel报错,[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.Abs...

有正常的,说明命令没问题,你检查检查你的表型数据格式问题吧,和正常的对比对比看看有没有不一样的;

回答于 2024-02-19 09:50

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GWAS中gapit分析没有结果,命令行输入与屏幕输出如下

最后 killed 内存不够导致系统杀死任务,如果用的docker可以看看这里设置容器内存:https://www.omicsclass.com/article/1413

回答于 2024-02-19 09:48

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gwas分析群体画进化树

这个进化树绘制不出来可以使用ITOL或者evolview展示:https://www.omicsclass.com/article/963  https://www.omicsclass.com/article/417 

回答于 2024-02-12 19:52

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hmmer二次搜索结果空白,第一次结果有是什么情况?

自己建立的hmm模型有问题吧,你文件打开检查看看的;

回答于 2024-02-07 10:40

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如何安装picard软件?

我们重测序镜像里面有安装的;

回答于 2024-02-07 10:39

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微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分,进行代谢通路差异比较...

不支持三组之间比较,只支持两组之间比较; 如果要三组以上比较建议用lefse分析;

回答于 2024-02-07 10:37

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使用Bwa mem命令时,使用-M和不适用时候,对后续数据分析有影响...

-M一般都是加上的: mark shorter split hits as secondary 兼容reads比对有剪切的情况;

回答于 2024-02-07 10:35

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annovar注释snp和indel,在重点关注剪切区的信息时,发现并不遵...

我们这个是按照ANNOVAR软件官方推荐构建的库; 如果出现大量错误,应该是你的vcf用的基因组版本和ANNOVAR库基因组版本不匹配造成的,你检查你的数据核实一下; ANNOVAR前移动一位是正常现象,GFF基因组碱基索引是从1开始,ANNOVAR 基因组碱基索引是从0开始;

回答于 2024-02-02 16:26

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请问我们测序结果已经经过了质控,所以只用fast那个压缩包里的数...

你说的是fastq那个文件吗?已经做过质控可以直接导入到qiime2 中

回答于 2024-02-02 10:51