Beta多样性分析PCOA/NMDS分析无差异 这个肉眼看看的比较主观吧
回答于 2024-02-01 13:11
检查检查你群体里面的样本吧,样本遗传背景差异太大,不属于一个群体有可能导致这样的问题 或者群体数量太少,建议至少10个个体以上吧;
回答于 2024-01-30 12:03
进化树的枝可以旋转,你可以到iTOL网站调整自己的进化树结构; 如果还是不理想,建议你重新构建更好更符合自己预期的进化树:https://www.omicsclass.com/article/2010
回答于 2024-01-30 12:01
的确差异挺大的;; 看看这几个样本测序配置文件有没有搞错;合并双端数据看看read1 read2 overlap参数放低看看: Usage: qiime vsearch merge-pairs [OPTIONS] Merge paired-end sequence reads using vsearch's merge_pairs function. See the vsearch documentation for details on how paired-end merging is pe...
回答于 2024-01-29 13:12
还有GFF格式问题,这里的逗号和双引号应该删除,你对比课程里面正常的GFF文件格式; 看看是不是内存不够:https://www.omicsclass.com/question/6544
回答于 2024-01-28 20:34
可能是marker差异基因没找到,你换个方法: 比如 wilcox,降低阈值等再试试;
回答于 2024-01-28 15:12
注意冒号: 我们的课程已经更新qiime2最新了,了解一下:https://www.omicsclass.com/article/2371
回答于 2024-01-28 15:08