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call snp
任务快慢与否不仅和内存有关，还和CPU性能有关，如果有大量数据读写还和硬盘读写速度有关； xmx只是限制最大使用内存，并不是程序真正使用内存； 这一步gvcf内存对速度影响不大
回答于 2023-12-13 20:22
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GATK
gvcf是中间文件，不能用于过滤，建议看看课程： https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ 对的GATK过滤本身就是很慢，慢慢等吧；
回答于 2023-12-13 16:51
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重测序中两个GATK运行都失败，显示如下代码和图片，麻烦老师进行...
GATK4.4版本要求java的版本大于17 服务器之前默认的java是11版本，现在默认的更新到最新的21版本了，你重新登录服务器再试一下；
回答于 2023-12-13 11:35
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Ran out of memory; automatically trying more memory-economic...
对的，hisat建立索引很占用内存，内存不够这一步过不去，建议使用云服务器分析高通量数据：https://study.omicsclass.com/index
回答于 2023-12-12 20:22
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vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-IN.....
没用过这个命令，你查查bcftools的帮助吧
回答于 2023-12-12 17:13