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性别: 北京 - 北京市 注册于 2018-04-20

擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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服务器连接断网

登录不上是你多次错误的输入用户名或者密码,导致服务器认为受到黑客攻击禁用了你的IP; 你可以找后台管理员处理一下:登录服务器的时候有个欢迎界面有qq群你加一下,或者找联系客服处理:点击联系客服

回答于 2025-01-16 09:39

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dadi

2D 这个文件夹当前文件夹没有,你创建一下,再运行命令 mkdir 2D 

回答于 2025-01-15 16:47

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xpclr绘图

fai文件里面的染色体号和xpclr的要一致; 你自己换也行; 最好是配套的,别搞错了;

回答于 2025-01-15 16:25

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xpclr绘图

检查所有输入文件里面的染色体ID是否一致; 还有长度过滤是否设置过大;

回答于 2025-01-15 16:04

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根据覆盖度及比对率如何剔除样品、gatk VariantFiltration过滤

数据分析具有探索性,没有绝对的最好的过滤参数,不同的项目数据特点和分析目的都会有不同的过滤参数; 这个需要自己去摸索,或者参考文献,设置合理的参数得到 质量和数量合适的SNP数量; 一般建议: 最低 4X,缺失率 0.7 ,深度低的样本建议可以去除; 其他种的样本建议放在一起CALL SNP,构建进化树;后续做GWAS...

回答于 2025-01-13 11:30

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重测序

没有办法接着继续GATK不支持,中途断开了只能重新跑;

回答于 2025-01-10 09:40

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老师,我提取cds ,pep用基因的ID,作为序列的ID命令。运行出来"...

../id.txt 上一级目录的这个ID列表文件是不是空的,你检查一下;

回答于 2025-01-09 17:06

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重测序

docker ps -a 这个命令看看的

回答于 2025-01-09 16:20

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老师,我想知道我在用你们演示的玉米数据提取cds和pep的脚本为什...

用我们的镜像分析数据,里面安装了这个脚本,不用你自己去安装;

回答于 2025-01-09 14:54

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重测序

对的内存目前只用用了 15G; 任务不一定一直用这么多内存和CPU,是动态变化的,你要观察每个任务从开始到结束整个过程内存和CPU使用峰值才行; 盲目的加任务,当任务都达到峰值就会让系统崩溃;

回答于 2025-01-09 14:11