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老师，问题比较复杂，麻烦您看一下详细的问题描述
超过500M的染色体，GATK 索引不支持压缩的gvcf，但是解压的可以； 解决办法 1.解压g.vcf.gz gunzip demo.g.vcf.gz2. 解压后的vcf文件建立索引：gatk --java-options "-Xmx50g" IndexFeatureFile -I demo.g.vcf3.用解压后的g.vcf导入数据库
回答于 2024-10-22 14:03
成功得到了gvcf文件后，合并gvcf文件时，在导入db步骤中，由于gv...
The problem is in the zipped (g.vcf.gz) files, for big genomes (chromosomes with size of > 500 mbp), the tbi index format can handle chromosomes up to ~ 530 Mbp. Indexing with csi is the option for large genomes with large chromosomes, but unfortunately, CombineGVCF and GenomicsDB don't accept it...
回答于 2024-10-22 13:57
linux里不能通过 sudo docker pull omicsclass/samtools:latest...
docker hub 国内上不了了，如果购买我们课程可以 ： 联系客服处理：点击联系客服
回答于 2024-10-22 09:47
老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时，因为样本过多（...
你这个信息截图不全，没发现有什么异常的报错； 最后的信息也是warn警告信息，不影响结果的； 看一下服务器内存是多少，内存不够运行样本太多也会报错； free -h #查看内存
回答于 2024-10-21 18:13
老师，我有141个样品，现在IndexFeatureFile，tabix，bcftools都...
看看服务器内存多少，内存不够也可能出现这个问题： free -h #查看内存
回答于 2024-10-21 18:07
您好，请问20240627这个程序里，如何能merge后进行meta date分组...
这里有例子你看看的：https://www.omicsclass.com/article/2483 更多例子：https://www.omicsclass.com/article/2482
回答于 2024-10-17 17:40