omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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GWAS课程镜像中如何用gapit做单年的表型数据的GWAS关联

有示例数据，你照着示例数据准备即可：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/Load/Load 单年的按照这个格式：

回答于 2023-10-13 12:55

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这个看你不同染色体组之间的亲缘关系远近，较远可以一起分析，较近建议分开分析；

回答于 2023-10-13 11:27

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文件格式是不是损坏了，导致程序读入出错？或者你的PASA数据库前后要一致；

回答于 2023-10-13 10:24

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软件的推荐当然选27；但是分群也要结合自己对自己样本来源遗传背景的了解，是否可以接受27个分群；

回答于 2023-10-13 10:20

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需要过滤的这里我们有挂载基因组并手动调整的视频课程：https://bdtcd.xet.tech/s/2TnPfm

回答于 2023-10-13 10:12

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没用过这个juicer.sh，安装使用很麻烦我们这里有组装挂载的视频，你可以看看：https://bdtcd.xet.tech/s/2TnPfm

回答于 2023-10-13 10:11

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不建议用NCBI上的参考基因组，GFF格式不标准导致脚本报错；

回答于 2023-10-13 10:09

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文件格式问题，你看看： line 17 did not have 10 elements

回答于 2023-10-13 10:08

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注意空格，linux用空格区分命令不同部分：

回答于 2023-10-13 10:07

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数据量够的话，可以不用处理，污染的序列比对不上参考基因组，对结果影响不大；主要是污染数据，数据量相对减少了；如果比对之后平均深度能达到分析要求就可以了

回答于 2023-10-11 11:31