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重测序
linux基础不好建议学习学习linux基础课：https://bdtcd.xetlk.com/s/17gwqZ 下面的这个代码你运行一下，打印每个样本的任务，到 gatk.sh for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do echo "gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R $REF \ -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ -O ${i...
回答于 2025-01-08 13:47
重测序
ParaFly 这个命令要求sh文件里面一行是一个任务，不必要的注释换行符变量等需要删掉； 建议吧命令用for循环结合echo打印出来，手动编辑命令的sh文件再批量运行： 可以学习学习Linux基础：https://www.omicsclass.com/article/1006 实在不会就所有的输入输出文件用绝对路径，手动编辑命令文件；
回答于 2025-01-08 10:44
重测序
一般内存你尽量多设置一些，任务需要多少内存那个命令代码会自己处理，你不需要考虑那么多；你关心你所有任务总的内存使用情况即可，内存爆了，你减少任务量即可； 有些情况自己多跑任务，慢慢积累经验就知道了；
回答于 2025-01-07 12:32
老师 我想问一下就是这个snp的统计是哪里呀 我视频里面看啦 说...
gz 压缩文件不能直接wc -l 统计行数，需要解压才行： zcat vcf.gz|wc -l 我不知道你怎么统计的，重测序数据多基因组大，百万级甚至千万级SNP数量也正常吧；
回答于 2025-01-07 10:16
重测序
你还要考虑子任务的内存和cpu的使用情况，比如说你一个任务消耗 10G，50个任务就是500G，每个任务是4个线程，50个并行就是200个cpu； 这样写可以的： nohup ParaFly -c w.sh -CPU 50 > w.sh.o&
回答于 2025-01-06 17:28
并行运行
这样写，nohup 要写在命令最前面：nohup ParaFly -c w.sh -CPU 2 > w.sh.o& 这里的-CPU是线程数，双路是2个CPU概念不一样；独享的服务器线程数比较多，你可以多设置一些 ： -CPU 10lscpu 命令看看：这里有48线程，你可以理解同时可以运行48个任务
回答于 2025-01-06 17:15