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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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并行运行

这样写,nohup 要写在命令最前面:nohup ParaFly -c  w.sh -CPU 2 > w.sh.o&  这里的-CPU是线程数,双路是2个CPU概念不一样;独享的服务器线程数比较多,你可以多设置一些 : -CPU 10lscpu 命令看看:这里有48线程,你可以理解同时可以运行48个任务

回答于 2025-01-06 17:15

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重测序

山羊基因组比较大,时间久正常,内存不是决定速度的主要因素; 加快速度,建议多样本并行运行;

回答于 2025-01-06 13:49

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重测序

必须所有的GVCF都生成一起合并,不能分批合并; 生成了gvcf文件之后,bam文件后续不用可以删除; 后台任务杀死可以用 ps -xf 查看任务PID 然后用kill杀死任务,如果用我们的服务器,登录的时候有个使用手册建议看看有说明;

回答于 2025-01-06 13:47

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老师就是做到xpclr和TajimaD的时候 出现下面的错误 要怎么解决呀

检查你vcf文件里面第一列染色体ID是不是和你命令行里面的对应; 再检查群体样本ID列表和VCF里面的是不是对应;

回答于 2025-01-05 16:34

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老师 就是在做种群动态历史那里 我截频红色箭头指出的那个bam文...

选其中一个样本的bam文件代表这个群体就行;

回答于 2025-01-05 16:32

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老师 我在做主成分分析的时候 出现下面这个错误 需要怎么解决呀...

-g 这个参数是为分组填充颜色的,你这个每个样本一组,没有那么多颜色分配报错了;

回答于 2025-01-04 16:44

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老师 就是 您在重测序课程里面里面用vcftools工具过滤和群体遗传...

你要理解每个过滤参数的意义,选择合适的参数过滤,每个项目不一样没有对错之分;你再仔细看看视频讲解吧; 你觉得过滤太多了,就不设置这个参数过滤即可 或者设置 --minGQ 0 

回答于 2025-01-04 16:42

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老师,就是我在做结构变异分析那里,我重测序分析的个体只有36个...

这个一般默认参数即可;

回答于 2025-01-04 09:05

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老师 就是 我在过滤数据的时候 下面截屏中利用vcfutils.pl进行...

--minGQ 80   这个参数去掉试试,这个参数过滤的比较狠;

回答于 2025-01-04 09:03

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在运行core_pan_gene_curve.r的时候报错

数据有特殊没有拟合出曲线报错, 你检查你的数据,是不是基因数量太少等情况;

回答于 2024-12-31 09:58