John
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2天前 发起提问

在进行GWAS的LDBlock可视化中，在Win11本地的Docker执行LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -Out

2天前 发起提问

GWAS分析发现的问题如下：第一，过滤水稻vcf的RawData时（群体有176份），我选择的minGQ值为20（同时要移除InDel），结果得出过滤出来的SNPs数量不足1000，但是我查过一些资料，GQ值如果群体数量较少值不得小于20。请问遇到这种情况

2天前 发起提问

我在win11本地GWAS分析时，进行plink。结果报错了（Segmentation fault （Core dumped）），请问各位如何解决

2天前 发起提问

采用你们课程的：Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r 以及Rscript $scriptdir/qq_plot.r制作Manhattan图和QQ图后，Manhattan图最高的SNP仅仅显示半圆（如下图），请问如

2天前 发起提问

GWAS做关联区域分析时，根据p值获取关联区域中，为什么要用如下语句以合并P值（此语句是2023.4.10日添加的） cat pvalue.bed region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在

2天前 发起提问

在筛选GWAS关联区域内的基因时（LDBlock），基因或者SNP与选定的显著关联区域有百分之多少的交集可以定义为关联区域内的基因或者SNP？视频中说是10%，视频说的10%请问通用吗？这个10%是如何计算的？

3天前 关注了问题

GWAS分析筛选关联区域

3天前 发起提问

GWAS分析筛选关联区域

3天前 关注了问题

GWAS分析后选择关联区域（基因）

3天前 关注了问题

GWAS图像问题