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RNA seq要用什么数据来构建WGCNA
只要是标准化的数据都可以，不能是原始的计数数据，标准化的count/FPKM/RFPKM都是可以进行分析的。当然如果有其他的分析，注意和其他分析使用的数据一致比较好。
回答于 2019-02-14 11:02
如何知道一个motif的功能，或是判断它是哪一个结构域的基序？
拿该基因蛋白序列去pfam数据库查一下 相同的位置是不是出现 某一个结构域？根据该结构域相关介绍或者序列信息进行判断？ 应该是一个方法
回答于 2019-02-13 18:04
gfff文件的具体意义
图片显示的是拟南芥的线粒体（Mt） 和叶绿体(Pt) 基因组上对应的基因信息。 不同的物种是否具备线粒体（Mt） 和叶绿体(Pt) 基因组注释信息是不一定的，组装和注释的完整度也不一定，需要基于具体的物种、具体的参考基因组版本信息进行理解
回答于 2019-01-24 17:07
WGCNA分析内存的问题
除了提高配置之外的办法 1、对基因进行筛选一下，筛选一下变化差异大的基因 2、调整分析流程，除了标准流程外，WGCNA官网还提供了一套针对大数据量的流程进行分析，具体的你可以参考，基本思路一直，代码有差别：https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/
回答于 2019-01-16 09:11
预测启动子顺势作用原件
1、预测顺势原件提取的是基因前面的1500bp?确定原fasta文件没有问题 2、关于不对应问题，没有太明白你的描述，如果同一个基因查找出来的位置不一致是否存在你利用的参考基因组不是同一版，（不同版本的参考基因组相同的ID是不是确实表示同一个基因，而确定真实为同一基因但是基因组版本不同组装结果也会不一样，位置会或大...
回答于 2019-01-11 17:49
在 “微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)”课程中，二分网络图中，除...
这个是使用Cytoscape绘图技巧的问题（单纯技巧而言），根据OTU所属的分类组别信息（做成table文件导入网络）之后基于这一属性设置OTU颜色即可，或者直接在原来的文件（网络文件）中增加一列描述其组别的信息，直接设置成点属性从而设置颜色,熟练的话在控制面板筛选栏就可以完成筛选了，其实过程和筛选特有的是类似的）（绘...
回答于 2019-01-11 11:51