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GEO数据的处理问题（没有NCBI官方注释文件情况）
重新描述一下问题吧，什么叫出现多个Ensemble_ID？一个探针检测多个基因的意思？这种情况在数据分析过程的视频里面有说过，针对一探针对应多基因的请剔除。 补充：简单看了一些，这个算双通道芯片数据，目前还不太适合直接使用我们课程的代码（主要用于单通道数据分析），你可以去了解一些这两种芯片的差别。另外，你...
回答于 2019-01-11 11:44
我想问一下，什么叫做新的基因，比如说我做的无参转录组，找到的...
无参里面没有所谓的新旧，这个是针对有参转录组分析结果而言的。 在有参转录组分析过程中，基于参考基因组的注释，认定是基因间区位置的序列出现转录生成了mRNA，基于一定的标准，由此断定这部分区域应该是一个新基因（未在参考基因组上注释到的），一般可能是属于在特定条件下才能表达，而参考基因组的注释信息还不够完善...
回答于 2019-01-09 09:23
GEO数据处理
GPL文件的目的是方便进行探针和基因ID相关信息对应，从而方便后续分析，而如果没有官方标准格式的GPL，利用课程代码提取就往往无法实现。但是不表示数据上传者提供的GPL不能用，前提是自己根据文件格式，找到相应信息并自主写出对应的代码进行信息提取即可。 至于代码的变化，前提是根据文件格式，不同格式具体操作不一样...
回答于 2019-01-07 11:12
R语言下载GSE数据的问题
下载没有什么问题，提示你对应的GPL文件没有官方NCBI格式的或者无效之类，所以对应的是下载数据上传者提供的GPL， 另外，你这个下载的数据对应的是SNP芯片，不是RNA表达谱芯片
回答于 2019-01-04 17:53
转录组数据怎样根据差异结果筛选重要候选基因;挑选重要的KEGG通...
KEGG富集结果显著性，功能涉及的方面，材料的认识和处理，结合这些才能判断~~譬如通过富集之后选出了其中最显著的几个通路，这些通路参与了胁迫啊，耐受性，信号传导响应啊，等，刚好你的材料是针对盐处理或者其他胁迫处理之类的，多个层面相互对应，这就说明，这几个通路刚刚好是需要重点关注的了
回答于 2018-12-19 11:07
GEO数据的下载（利用GEOquery包下载)
先检查网络，然后运行每一步代码，当不确定哪一步出错就分步并立即每一部分返回值应该是什么，这里出错的可能是下载过程登录号出错，导致返回值是gpl信息，不是gset（表达矩阵信息）
回答于 2018-12-18 18:03