生信老顽童的回答 - 组学大讲堂问答社区

0 赞同

用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools...

call SNP主流都是用GATK，虽然会慢一些，但是认可度很高。用samtools的都是为了省事，途快，一般都不用这个的。建议你重新使用gatk做一下吧。

回答于 2024-02-21 09:08

0 赞同

请使用我们的镜像进行分析，有些脚本是打包到镜像中了。

回答于 2023-10-28 16:34

0 赞同

可以学习我们的课程https://bdtcd.xet.tech/s/1BdOpW

回答于 2023-10-13 08:24

0 赞同

无参的可以做基因家族分析，只是和染色体或者基因结构的分析做不了。比如共线性分析、基因结构分析、染色体定位等。后续也是做些定量验证、亚细胞定位等试验即可。有兴趣的话，可以微信联系18510686562详聊，我们组学大讲堂可以做相关分析服务。

回答于 2023-10-04 13:40

0 赞同

在基因家族分析课程里有下载说明，课程链接：https://bdtcd.xet.tech/s/1xkBdl

回答于 2023-08-18 14:53

0 赞同

https://www.omicsclass.com/article/2035可以参考这个试试

回答于 2023-08-07 09:38

0 赞同

你检查一下你的镜像是否使用正确，还有数据格式是否正确。

回答于 2023-08-05 16:38

0 赞同

和参考基因组比对率低，那大概率是菌株污染了。你可以自己查一下样品

回答于 2023-08-01 17:43

0 赞同

那你得做GWAS关联分析，就可以找到和性状相关的关联位点，然后就可以得到候选区间和基因。

回答于 2023-08-01 17:42

0 赞同

你查看一下基因ID是不是一致。

回答于 2023-07-29 11:32