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F2子代性状符合什么样的标准才能够做BSA分析
你好！ 首先F2子代成活率不能过低，防止出现致死基因的干扰。 然后分情况讨论，如果是质量性状的话，符合显性性状比隐性性状为3:1为佳；如果为数量性状，可以做个性状分布的调查，如果符合正态分布，同时两端的极端性状个体数量（极端占比5-10%）能有30+30以上，就可以做BSA分析了。 当然BSA只能找到主效基因，如果想全...
回答于 2018-10-19 19:54
无参转录组里的回比率问题
55%的回比率确实不怎么高，一般来说影响回比率的因素有以下几条： 1. unigene库的拼接质量，这个又和物种基因组本身有关，如果杂合度太高，拼接难度也就增大了； 2 . 样品间差异，如果样品间或者说组间差异比较大，那么unigene库相对于每个单个样品来说，特异序列占比就高了，自然回比率也就下去了； 3. 分析人员、分析...
回答于 2018-10-13 12:54
怎么根据基因ID来找到对应的基因功能呢？
由于是无参物种，并没有一个通用的ID，以trinity开头的ID是组装软件trinity自动命名的，你在NCBI里当然搜不到啦 一般来说公司给你做的分析是会对这些组装结果进行注释的，一般存放在Unigene_Anno/Integrated_Function.annotation.xls 文件路径下，该表格存放了所有组装基因对应的注释结果，你可以根据ID进行查询。
回答于 2018-09-25 13:56
我有两个水稻的突变体，怎么选择定位方法
如果是EMS诱导的突变，那么就是比较经典的做法，对野生亲本和突变F2子代进行重测序，使用snp-index的算法进行定位，当然如果经费允许的话，把两个亲本和F2的两种性状混池都拿去测序是最理想的，可以在一定程度上增加定位效果； 如果是tDNA插入的话，情况有所不同，一般认为tDNA插入会引入片段，而不仅仅是SNP的点突变，所...
回答于 2018-09-25 13:42
atacseq测的是RNA还是DNA，和chipseq有什么区别呢？
ATAC-seq 技术检测染色质开放区域，即T5酶可接近的 DNA 区域，将快速又敏感的表观遗传现象可视化。使用具有 50,000 个细胞的简单两步方案捕获开放的染色质位点。转座子优先并入一般没有核小体（无核小体区域）或暴露 DNA 段的基因组区域。因此，基因组中某些基因座序列的富集表明该区域不存在核小体，处于 DNA 结合蛋白等核...
回答于 2018-09-14 22:20
转录组测序数据量如何选择？
所谓的4G、6G是指测序的碱基数，1G就是10亿碱基。 一般来说，测序数据量越大，低表达的基因就越容易被检测到，整体被检测到的基因也就越多了。 数据量的选择，主要考虑物种基因组的大小和复杂程度，再结合实际的研究目的来看。同时也会随着时间的变化而有所改变，2013年时，测序价格很高，很多文章只测了2-4G（普通动植物...
回答于 2018-09-05 09:53
想做蛋白组实验，请教下iTRAQ/TMT和label free的区别：
1. iTRAQ/TMT是基于同一种技术原理的，后面就拿iTRAQ举例说明，iTRAQ即同位素标记相对和绝对定量，使用同位素对不同样品进行标记，然后将同一批样品一起上机进行检测，根据不同的同位素标记来区分各个样品中 不同蛋白的表达量。优势是：定量准确，数据重现性好，灵敏度高对样品要求量低，检测蛋白数量多。缺点是由于同...
回答于 2018-09-04 11:46
微生物多样性测序，检测植物内生真菌多样性与非内生真菌有什么不...
这种情况需要注意取样时，将土与根分开取样，不要相互污染。 有一篇发表在PNAS上文章做的是水稻根际土、根围土以及根内生菌的微生物多样性，里面对不同样品的取材做了详细的描述，参考文献： Edwards J, Johnson C, Santos-Medellín C, et al. Structure, variation, and assembly of the root-associated microbiomes of...
回答于 2018-08-20 22:33
微生物多样性：检测植物内生真菌和内生细菌实验上有什么不一样？...
在取样上没有太多区别。同一份样品送到测序公司，测序公司提取出微生物DNA之后，测真菌多样性和细菌多样性用的扩增引物不一样；一般主流的方法，对真菌的ITS进行扩增获得其序列，测细菌的话，对V3+V4区进行扩增。 也就是说取样方式一样，指定公司去测真菌或者细菌就可以了。
回答于 2018-08-20 22:01
想做土壤微生物的多样性，请问取样时应该注意什么？
本取样原则适用样品：普通土壤 取样容器：1.5-50ml离心管 送样量：土壤重量≥2g即可 1）根据研究设计选择具有代表性的土壤； 2）采样所用工具、塑料袋或其他物品都要事先灭菌，如无条件，可用采取的土壤进行擦拭； 3）每个取样点至少取3个生物学重复，复杂地形建议取6个重复；同时每一管土壤也应采用在相近的多点取重量...
回答于 2018-08-17 18:09