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转录组筛选差异表达基因时的Log2FC和FDR值是什么意思？可以自己...
log2FC中的FC即 fold change，表示两样品（组）间表达量的比值，对其取以2为底的对数之后即为log2FC。一般国内公司默认取log2FC绝对值大于1为差异基因的筛选标准； FDR即False Discovery Rate，错误发现率，是通过对差异显著性p值（p-value）进行校正得到的。由于转录组测序的差异表达分析是对大量的基因表达值进行独立的...
回答于 2018-08-10 09:18
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做植物BSA集群关联分析的时候，取样有什么原则？
一般来说，对于数量性状，应当取极端性状5%-10%的样品作为混池样品；对于质量性状，取尽量多的隐性性状个体和等数量的显性性状个体即可。 如果群体规模实在比较小，那每个混池的样品数量也不应该低于30，再低的话假阳性的概率会大增。 测序时，深度应该保证混池中每个样品起码被测到1×，例如50+50的混池，那么每个混池的...
回答于 2018-08-05 14:38
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我这种情况，做转录组应该选无参还是有参？
先说下结论吧，建议按无参转录组去做，因为50%的回比率实在是太低了，一般来说起码也得达到60%-65%。按有参去做会浪费很多的数据，而且会有很多基因不会被检测到。下面是我们之前写的一个关于转录组分析模式的选择建议，希望对你有所帮助。 同样是用NGS方法做转录组，根据测序物种和实验目的的不同，在分析模式上会有差别...
回答于 2018-07-29 20:47